openforcefield.topology.Molecule
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.. currentmodule:: openforcefield.topology

.. autoclass:: Molecule

   
   .. automethod:: __init__

   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
   
      ~Molecule.__init__
      ~Molecule.add_atom
      ~Molecule.add_bond
      ~Molecule.add_bond_charge_virtual_site
      ~Molecule.add_conformer
      ~Molecule.add_divalent_lone_pair_virtual_site
      ~Molecule.add_monovalent_lone_pair_virtual_site
      ~Molecule.add_trivalent_lone_pair_virtual_site
      ~Molecule.are_isomorphic
      ~Molecule.assign_fractional_bond_orders
      ~Molecule.assign_partial_charges
      ~Molecule.canonical_order_atoms
      ~Molecule.chemical_environment_matches
      ~Molecule.compute_partial_charges_am1bcc
      ~Molecule.enumerate_protomers
      ~Molecule.enumerate_stereoisomers
      ~Molecule.enumerate_tautomers
      ~Molecule.find_rotatable_bonds
      ~Molecule.from_bson
      ~Molecule.from_dict
      ~Molecule.from_file
      ~Molecule.from_inchi
      ~Molecule.from_iupac
      ~Molecule.from_json
      ~Molecule.from_mapped_smiles
      ~Molecule.from_messagepack
      ~Molecule.from_openeye
      ~Molecule.from_pdb_and_smiles
      ~Molecule.from_pickle
      ~Molecule.from_qcschema
      ~Molecule.from_rdkit
      ~Molecule.from_smiles
      ~Molecule.from_toml
      ~Molecule.from_topology
      ~Molecule.from_xml
      ~Molecule.from_yaml
      ~Molecule.generate_conformers
      ~Molecule.generate_unique_atom_names
      ~Molecule.get_bond_between
      ~Molecule.is_isomorphic_with
      ~Molecule.remap
      ~Molecule.to_bson
      ~Molecule.to_dict
      ~Molecule.to_file
      ~Molecule.to_hill_formula
      ~Molecule.to_inchi
      ~Molecule.to_inchikey
      ~Molecule.to_iupac
      ~Molecule.to_json
      ~Molecule.to_messagepack
      ~Molecule.to_networkx
      ~Molecule.to_openeye
      ~Molecule.to_pickle
      ~Molecule.to_qcschema
      ~Molecule.to_rdkit
      ~Molecule.to_smiles
      ~Molecule.to_toml
      ~Molecule.to_topology
      ~Molecule.to_xml
      ~Molecule.to_yaml
      ~Molecule.visualize
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~Molecule.angles
      ~Molecule.atoms
      ~Molecule.bonds
      ~Molecule.conformers
      ~Molecule.has_unique_atom_names
      ~Molecule.hill_formula
      ~Molecule.impropers
      ~Molecule.n_angles
      ~Molecule.n_atoms
      ~Molecule.n_bonds
      ~Molecule.n_conformers
      ~Molecule.n_impropers
      ~Molecule.n_particles
      ~Molecule.n_propers
      ~Molecule.n_virtual_sites
      ~Molecule.name
      ~Molecule.partial_charges
      ~Molecule.particles
      ~Molecule.propers
      ~Molecule.properties
      ~Molecule.torsions
      ~Molecule.total_charge
      ~Molecule.virtual_sites
   
   