parmchk -i receptor.gaff.mol2 -o receptor.gaff.frcmod -f mol2
    #parameterize the ligand
   echo "Parameterizing the ligand molecule using antechamber"
   antechamber -fi mol2 -i ligand.tripos.mol2 -fo mol2 -o ligand.gaff.mol2 -c bcc -nc 1 -rn LIG
   parmchk -i ligand.gaff.mol2 -o ligand.gaff.frcmod -f mol2
    #create AMBER inputs with tleap
    echo "Creating AMBER inputs with tleap"
    rm -f leap.log receptor.{inpcrd,prmtop,pdb} ligand.{inpcrd,prmtop,pdb} complex.{inpcrd,prmtop,pdb}
    tleap -f setup.leap.in > setup.leap.out
