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- OBC1 : simtk.openmm.app.amberprmtopfile
- OBC2 : simtk.openmm.app.amberprmtopfile , simtk.openmm.app.gromacstopfile
- ONE_TIMESCALE : simtk.openmm.app.charmmcrdfiles
- OpenMMException_swigregister : simtk.openmm.openmm
- osmium : simtk.openmm.app.element
- ostream_swigregister : simtk.openmm.openmm
- OutOfPlaneSite_swigregister : simtk.openmm.openmm
- oxygen : simtk.openmm.app.element