RNAlib-2.2.9

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Here is a list of all documented struct and union fields with links to the struct/union documentation for each field:

### - a -

- A0 : vrna_dimer_conc_s
- ABc : vrna_dimer_conc_s
- alias : vrna_md_s
- alpha : vrna_exp_param_s
- auxdata : vrna_fc_s

### - b -

- B0 : vrna_dimer_conc_s
- backtrack : vrna_md_s
- backtrack_type : vrna_md_s
- betaScale : vrna_md_s
- bp : vrna_pinfo_s
- bpdist : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- bt : vrna_sc_s

### - c -

- c : vrna_mx_mfe_s
- c_local : vrna_mx_mfe_s
- canonicalBPonly : vrna_md_s
- circ : vrna_md_s
- comp : vrna_pinfo_s
- compute_bpp : vrna_md_s
- cons_seq : vrna_fc_s
- contribs : pu_out
- cutpoint : vrna_fc_s
- cv_fact : vrna_md_s

### - d -

- dangles : vrna_md_s
- data : vrna_hc_s , vrna_sc_s
- do_backtrack : TwoDfold_vars

### - e -

- E : pu_contrib
- en : vrna_path_s , vrna_sol_TwoD_t
- energy : vrna_subopt_sol_s
- energy_bp : vrna_sc_s
- energy_set : vrna_md_s
- energy_stack : vrna_sc_s
- energy_up : vrna_sc_s
- ent : vrna_pinfo_s
- exp_energy_bp : vrna_sc_s
- exp_energy_stack : vrna_sc_s
- exp_energy_up : vrna_sc_s
- exp_f : vrna_sc_s
- exp_matrices : vrna_fc_s
- exp_params : vrna_fc_s

### - f -

- f : vrna_hc_s , vrna_sc_s
- F0AB : vrna_dimer_pf_s
- f3 : vrna_mx_mfe_s
- f3_local : vrna_mx_mfe_s
- f5 : vrna_mx_mfe_s
- FA : vrna_dimer_pf_s
- FAB : vrna_dimer_pf_s
- FB : vrna_dimer_pf_s
- fc : vrna_mx_mfe_s
- Fc : vrna_mx_mfe_s
- FcAB : vrna_dimer_pf_s
- fM1 : vrna_mx_mfe_s
- fM2 : vrna_mx_mfe_s
- fML : vrna_mx_mfe_s
- fML_local : vrna_mx_mfe_s
- free_auxdata : vrna_fc_s
- free_data : vrna_hc_s

### - g -

- ggg : vrna_mx_mfe_s
- ggg_local : vrna_mx_mfe_s
- Gi : interact
- Gikjl : interact
- Gikjl_wo : interact
- gquad : vrna_md_s

### - h -

- H : pu_contrib
- hc : vrna_fc_s
- header : pu_out

### - i -

- i : interact
- I : pu_contrib
- i : vrna_pinfo_s
- id : vrna_exp_param_s
- iindx : vrna_fc_s

### - j -

- j : interact , vrna_pinfo_s
- jindx : TwoDpfold_vars , vrna_fc_s

### - k -

- k : interact , vrna_sol_TwoD_pf_t , vrna_sol_TwoD_t

### - l -

- l : interact , vrna_sol_TwoD_pf_t , vrna_sol_TwoD_t
- len : pu_out
- length : interact , pu_contrib , vrna_fc_s , vrna_mx_mfe_s
- logML : vrna_md_s

### - m -

- M : pu_contrib
- matrices : vrna_fc_s
- matrix : vrna_hc_s
- max_bp_span : vrna_md_s
- maxD1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- maxD2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- min_loop_size : vrna_md_s
- mm1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- mm2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- model_details : vrna_exp_param_s , vrna_param_s
- my_iindx : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars

### - n -

- n_seq : vrna_fc_s
- nc_fact : vrna_md_s
- noGU : vrna_md_s
- noGUclosure : vrna_md_s
- noLP : vrna_md_s
- nonstandards : vrna_md_s

### - o -

- oldAliEn : vrna_md_s
- options : vrna_hc_up_s

### - p -

- P : TwoDfold_vars
- p : vrna_pinfo_s
- pair : vrna_md_s
- params : vrna_fc_s
- pf_scale : vrna_exp_param_s
- Pi : interact
- position : vrna_hc_up_s
- pscore : vrna_fc_s
- pscore_pf_compat : vrna_fc_s
- ptype : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- ptype_local : vrna_fc_s
- ptype_pf_compat : vrna_fc_s

### - q -

- q : vrna_sol_TwoD_pf_t

### - r -

- reference_pt1 : vrna_fc_s
- reference_pt2 : vrna_fc_s
- referenceBPs1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- referenceBPs2 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- ribo : vrna_md_s
- rtype : vrna_md_s

### - s -

- S : vrna_fc_s
- s : vrna_path_s , vrna_sol_TwoD_t
- S1 : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars
- S3 : vrna_fc_s
- S5 : vrna_fc_s
- S_cons : vrna_fc_s
- sc : vrna_fc_s
- scs : vrna_fc_s
- sequence : TwoDfold_vars , TwoDpfold_vars , vrna_fc_s
- sequence_encoding : vrna_fc_s
- sequences : vrna_fc_s
- sfact : vrna_md_s
- special_hp : vrna_md_s
- stat_cb : vrna_fc_s
- structure : vrna_subopt_sol_s

### - t -

- temperature : vrna_exp_param_s , vrna_md_s , vrna_param_s
- type : vrna_fc_s

### - u -

- u_vals : pu_out
- u_values : pu_out
- uniq_ML : vrna_md_s
- up_ext : vrna_hc_s
- up_hp : vrna_hc_s
- up_int : vrna_hc_s
- up_ml : vrna_hc_s

### - w -

- w : pu_contrib
- window_size : vrna_fc_s , vrna_md_s