RNAlib-2.2.9

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### - b -

- BONUS : energy_const.h

### - c -

- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_ALL_LOOPS : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_ENFORCE : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_EXT_LOOP : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_HP_LOOP : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_INT_LOOP : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_INT_LOOP_ENC : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_MB_LOOP : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_MB_LOOP_ENC : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_CONTEXT_NO_REMOVE : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_ANG_BRACK : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_DEFAULT : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_DOT : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_ENFORCE_BP : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_GQUAD : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_INTERMOL : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_INTRAMOL : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_PIPE : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_RND_BRACK : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_DB_X : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_FILE : constraints.h
- VRNA_CONSTRAINT_MULTILINE : file_formats.h
- VRNA_CONSTRAINT_NO_HEADER : constraints_hard.h
- VRNA_CONSTRAINT_SOFT_MFE : constraints.h
- VRNA_CONSTRAINT_SOFT_PF : constraints.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_ALL : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_BULGE : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_DANGLE3 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_DANGLE5 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_DUMP : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_HP : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_11 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_21 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_22 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MISC : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_ML : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_EXT : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_HP : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT_1N : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT_23 : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_MULTI : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_NINIO : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_SPECIAL_HP : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_STACK : convert_epars.h
- VRNA_CONVERT_OUTPUT_VANILLA : convert_epars.h

### - d -

- VRNA_DECOMP_EXT_EXT : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_EXT_EXT : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_EXT_STEM : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_EXT_STEM1 : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_STEM : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_STEM_EXT : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_STEM_OUTSIDE : constraints.h
- VRNA_DECOMP_EXT_UP : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_COAXIAL : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_ML : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_ML_ML : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_ML_STEM : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_STEM : constraints.h
- VRNA_DECOMP_ML_UP : constraints.h
- VRNA_DECOMP_PAIR_HP : constraints.h
- VRNA_DECOMP_PAIR_IL : constraints.h
- VRNA_DECOMP_PAIR_ML : constraints.h

### - f -

- FILENAME_ID_LENGTH : string_utils.h
- FILENAME_MAX_LENGTH : string_utils.h
- FORBIDDEN : energy_const.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_CLUSTAL : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_DEFAULT : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_FASTA : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_MAF : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_NOCHECK : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_STOCKHOLM : file_formats_msa.h
- VRNA_FILE_FORMAT_MSA_UNKNOWN : file_formats_msa.h

### - g -

- GASCONST : energy_const.h

### - i -

- INF : energy_const.h
- VRNA_INPUT_BLANK_LINE : utils.h
- VRNA_INPUT_COMMENT : utils.h
- VRNA_INPUT_CONSTRAINT : utils.h
- VRNA_INPUT_ERROR : utils.h
- VRNA_INPUT_FASTA_HEADER : utils.h
- VRNA_INPUT_MISC : utils.h
- VRNA_INPUT_NO_REST : utils.h
- VRNA_INPUT_NO_SPAN : utils.h
- VRNA_INPUT_NO_TRUNCATION : utils.h
- VRNA_INPUT_NOSKIP_BLANK_LINES : utils.h
- VRNA_INPUT_NOSKIP_COMMENTS : utils.h
- VRNA_INPUT_QUIT : utils.h

### - k -

- K0 : energy_const.h

### - m -

- MAX2 : utils.h
- MAX3 : utils.h
- MAXALPHA : model.h
- MAXDOS : subopt.h
- MAXLOOP : energy_const.h
- MIN2 : utils.h
- MIN3 : utils.h
- VRNA_MINIMIZER_CONJUGATE_FR : perturbation_fold.h
- VRNA_MINIMIZER_CONJUGATE_PR : perturbation_fold.h
- VRNA_MINIMIZER_DEFAULT : perturbation_fold.h
- VRNA_MINIMIZER_STEEPEST_DESCENT : perturbation_fold.h
- VRNA_MINIMIZER_VECTOR_BFGS : perturbation_fold.h
- VRNA_MINIMIZER_VECTOR_BFGS2 : perturbation_fold.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_ALI_CV_FACT : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_ALI_NC_FACT : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_ALI_OLD_EN : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_ALI_RIBO : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_BACKTRACK : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_BACKTRACK_TYPE : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_BETA_SCALE : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_CIRC : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_COMPUTE_BPP : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_DANGLES : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_ENERGY_SET : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_GQUAD : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_LOG_ML : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_MAX_BP_SPAN : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_NO_GU : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_NO_GU_CLOSURE : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_NO_LP : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_PF_SCALE : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_SPECIAL_HP : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_TEMPERATURE : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_UNIQ_ML : model.h
- VRNA_MODEL_DEFAULT_WINDOW_SIZE : model.h

### - n -

- NBPAIRS : energy_const.h

### - o -

- VRNA_OBJECTIVE_FUNCTION_ABSOLUTE : perturbation_fold.h
- VRNA_OBJECTIVE_FUNCTION_QUADRATIC : perturbation_fold.h
- VRNA_OPTION_DEFAULT : data_structures.h
- VRNA_OPTION_EVAL_ONLY : data_structures.h
- VRNA_OPTION_HYBRID : data_structures.h
- VRNA_OPTION_MFE : data_structures.h
- VRNA_OPTION_MULTILINE : file_formats.h
- VRNA_OPTION_PF : data_structures.h
- VRNA_OPTION_WINDOW : data_structures.h

### - p -

- VRNA_PLOT_TYPE_CIRCULAR : plot_layouts.h
- VRNA_PLOT_TYPE_NAVIEW : plot_layouts.h
- VRNA_PLOT_TYPE_SIMPLE : plot_layouts.h

### - s -

- STR : string_utils.h
- VRNA_STATUS_MFE_POST : data_structures.h
- VRNA_STATUS_MFE_PRE : data_structures.h
- VRNA_STATUS_PF_POST : data_structures.h
- VRNA_STATUS_PF_PRE : data_structures.h

### - t -

- TURN : energy_const.h

### - x -

- XSTR : string_utils.h