### - a -

- add_root() : RNAstruct.h
- alifold() : alifold.h
- aliLfold() : Lfold.h
- alimake_pair_table() : structure_utils.h
- alipbacktrack() : alifold.h
- alipf_circ_fold() : alifold.h
- alipf_fold() : alifold.h
- alipf_fold_par() : alifold.h
- aliPS_color_aln() : plot_aln.h
- alloc_sequence_arrays() : aln_util.h
- assign_plist_from_db() : structure_utils.h
- assign_plist_from_pr() : structure_utils.h
- vrna_alifold() : alifold.h
- vrna_alloc() : utils.h
- vrna_aln_mpi() : aln_util.h
- vrna_aln_pinfo() : aln_util.h