AddImputedScore	AddImputedScore
addImputedScore	Seurat-deprecated
AddMetaData	AddMetaData
addMetaData	Seurat-deprecated
AddModuleScore	AddModuleScore
AddSamples	AddSamples
AddSmoothedScore	AddSmoothedScore
addSmoothedScore	Seurat-deprecated
add_samples	Seurat-deprecated
AlignSubspace	AlignSubspace
as.seurat	Convert
as.seurat.SingleCellExperiment	Convert
as.SingleCellExperiment	Convert
as.SingleCellExperiment.seurat	Convert
AssessNodes	AssessNodes
AssessSplit	AssessSplit
AugmentPlot	AugmentPlot
average.expression	Seurat-deprecated
average.pca	Seurat-deprecated
AverageDetectionRate	AverageDetectionRate
AverageExpression	AverageExpression
AveragePCA	AveragePCA
batch.gene	Seurat-deprecated
BatchGene	BatchGene
BlackAndWhite	BlackAndWhite
BuildClusterTree	BuildClusterTree
buildClusterTree	Seurat-deprecated
BuildRFClassifier	BuildRFClassifier
BuildSNN	BuildSNN
calc.insitu	Seurat-deprecated
CalcAlignmentMetric	CalcAlignmentMetric
calcNoiseModels	Seurat-deprecated
CalcVarExpRatio	CalcVarExpRatio
calinskiPlot	Seurat-deprecated
CaseMatch	CaseMatch
cc.genes	cc.genes
cell.cor.matrix	Seurat-deprecated
CellCycleScoring	CellCycleScoring
CellPlot	CellPlot
cellPlot	Seurat-deprecated
ClassifyCells	ClassifyCells
cluster.alpha	Seurat-deprecated
CollapseSpeciesExpressionMatrix	CollapseSpeciesExpressionMatrix
ColorTSNESplit	ColorTSNESplit
CombineIdent	CombineIdent
Convert	Convert
Convert.anndata.base.AnnData	Convert
Convert.seurat	Convert
Convert.SingleCellExperiment	Convert
CreateSeuratObject	CreateSeuratObject
CustomDistance	CustomDistance
CustomPalette	CustomPalette
DarkTheme	DarkTheme
DBClustDimension	DBClustDimension
DBclust_dimension	Seurat-deprecated
DESeq2DETest	DESeq2DETest
diffExp.test	Seurat-deprecated
DiffExpTest	DiffExpTest
DiffTTest	DiffTTest
DimElbowPlot	DimElbowPlot
DimHeatmap	DimHeatmap
DimPlot	DimPlot
DimTopCells	DimTopCells
DimTopGenes	DimTopGenes
DMEmbed	DMEmbed
DMPlot	DMPlot
DoHeatmap	DoHeatmap
doHeatMap	Seurat-deprecated
DoKMeans	DoKMeans
doKMeans	Seurat-deprecated
dot.plot	Seurat-deprecated
DotPlot	DotPlot
DotPlotOld	DotPlotOld
ExpMean	ExpMean
ExpSD	ExpSD
ExpVar	ExpVar
ExtractField	ExtractField
FastWhichCells	FastWhichCells
feature.heatmap	Seurat-deprecated
feature.plot	Seurat-deprecated
feature.plot.keynote	Seurat-deprecated
FeatureHeatmap	FeatureHeatmap
FeatureLocator	FeatureLocator
FeaturePlot	FeaturePlot
fetch.data	Seurat-deprecated
FetchData	FetchData
FilterCells	FilterCells
find.markers	Seurat-deprecated
find.markers.node	Seurat-deprecated
FindAllMarkers	FindAllMarkers
FindAllMarkersNode	FindAllMarkersNode
FindClusters	FindClusters
FindConservedMarkers	FindConservedMarkers
FindGeneTerms	FindGeneTerms
FindMarkers	FindMarkers
FindMarkersNode	FindMarkersNode
FindVariableGenes	FindVariableGenes
find_all_markers	Seurat-deprecated
fit.gene.k	Seurat-deprecated
fit.gene.mix	Seurat-deprecated
FitGeneK	FitGeneK
gene.cor.matrix	Seurat-deprecated
GenePlot	GenePlot
genePlot	Seurat-deprecated
genes.in.cluster	Seurat-deprecated
geneScorePlot	Seurat-deprecated
GenesInCluster	GenesInCluster
get.centroids	Seurat-deprecated
GetAssayData	GetAssayData
GetCellEmbeddings	GetCellEmbeddings
GetCentroids	GetCentroids
GetClusters	GetClusters
GetDimReduction	GetDimReduction
GetGeneLoadings	GetGeneLoadings
GetIdent	GetIdent
getNewScore	Seurat-deprecated
HeatmapNode	Seurat-deprecated
HoverLocator	HoverLocator
HTODemux	HTODemux
HTOHeatmap	HTOHeatmap
ICA	Seurat-deprecated
ica	Seurat-deprecated
ica.plot	Seurat-deprecated
ICAEmbed	ICAEmbed
ICALoad	ICALoad
ICAPlot	ICAPlot
ICHeatmap	ICHeatmap
icHeatmap	Seurat-deprecated
ICTopCells	ICTopCells
ICTopGenes	ICTopGenes
icTopGenes	Seurat-deprecated
initial.mapping	Seurat-deprecated
InitialMapping	InitialMapping
jackRandom	Seurat-deprecated
JackStraw	JackStraw
jackStraw	Seurat-deprecated
jackStraw.permutation.test	Seurat-deprecated
jackStrawFull	Seurat-deprecated
jackStrawMC	Seurat-deprecated
JackStrawPlot	JackStrawPlot
jackStrawPlot	Seurat-deprecated
JoyPlot	Seurat-deprecated
KClustDimension	KClustDimension
Kclust_dimension	Seurat-deprecated
KMeansHeatmap	KMeansHeatmap
kMeansHeatmap	Seurat-deprecated
LogNormalize	LogNormalize
LogVMR	LogVMR
MakeSparse	MakeSparse
map.cell	Seurat-deprecated
marker.test	Seurat-deprecated
MarkerTest	MarkerTest
MASTDETest	MASTDETest
MatrixRowShuffle	MatrixRowShuffle
MeanVarPlot	Seurat-deprecated
MergeNode	MergeNode
MergeSeurat	MergeSeurat
MetageneBicorPlot	MetageneBicorPlot
MinMax	MinMax
minusc	Seurat-deprecated
minusr	Seurat-deprecated
MultiModal_CCA	MultiModal_CCA
MultiModal_CIA	MultiModal_CIA
NegBinomDETest	NegBinomDETest
NegBinomRegDETest	NegBinomRegDETest
NormalizeData	NormalizeData
NumberClusters	NumberClusters
OldDoHeatmap	OldDoHeatmap
pbmc_small	pbmc_small
PCA	Seurat-deprecated
pca	Seurat-deprecated
pca.plot	Seurat-deprecated
pca.sig.genes	Seurat-deprecated
PCAEmbed	PCAEmbed
PCALoad	PCALoad
PCAPlot	PCAPlot
PCASigGenes	PCASigGenes
PCElbowPlot	PCElbowPlot
PCHeatmap	PCHeatmap
pcHeatmap	Seurat-deprecated
PCTopCells	PCTopCells
pcTopCells	Seurat-deprecated
PCTopGenes	PCTopGenes
pcTopGenes	Seurat-deprecated
PlotClusterTree	PlotClusterTree
plotClusterTree	Seurat-deprecated
plotNoiseModel	Seurat-deprecated
PoissonDETest	PoissonDETest
posterior.plot	Seurat-deprecated
PrintAlignSubspaceParams	PrintAlignSubspaceParams
PrintCalcParams	PrintCalcParams
PrintCalcVarExpRatioParams	PrintCalcVarExpRatioParams
PrintCCAParams	PrintCCAParams
PrintDim	PrintDim
PrintDMParams	PrintDMParams
PrintFindClustersParams	PrintFindClustersParams
PrintICA	PrintICA
PrintICAParams	PrintICAParams
PrintPCA	PrintPCA
PrintPCAParams	PrintPCAParams
PrintSNNParams	PrintSNNParams
PrintTSNEParams	PrintTSNEParams
project.pca	Seurat-deprecated
project.samples	Seurat-deprecated
ProjectDim	ProjectDim
ProjectPCA	ProjectPCA
PurpleAndYellow	PurpleAndYellow
Read10X	Read10X
Read10X_h5	Read10X_h5
refined.mapping	Seurat-deprecated
RefinedMapping	RefinedMapping
RegressOut	Seurat-deprecated
regulatorScore	Seurat-deprecated
RemoveFromTable	RemoveFromTable
removePC	Seurat-deprecated
rename.ident	Seurat-deprecated
RenameCells	RenameCells
RenameIdent	RenameIdent
ReorderIdent	ReorderIdent
RidgePlot	RidgePlot
RunCCA	RunCCA
RunDiffusion	RunDiffusion
RunICA	RunICA
RunMultiCCA	RunMultiCCA
RunPCA	RunPCA
RunPHATE	RunPHATE
RunTSNE	RunTSNE
RunUMAP	RunUMAP
run_diffusion	Seurat-deprecated
run_tsne	Seurat-deprecated
SampleUMI	SampleUMI
SaveClusters	SaveClusters
ScaleData	ScaleData
ScaleDataR	ScaleDataR
set.all.ident	Seurat-deprecated
set.ident	Seurat-deprecated
SetAllIdent	SetAllIdent
SetAssayData	SetAssayData
SetClusters	SetClusters
SetDimReduction	SetDimReduction
SetIdent	SetIdent
seurat	seurat
seurat-class	seurat
Seurat-deprecated	Seurat-deprecated
Shuffle	Shuffle
spatial.de	Seurat-deprecated
SplitDotPlotGG	SplitDotPlotGG
SplitObject	SplitObject
StashIdent	StashIdent
SubsetByPredicate	SubsetByPredicate
subsetCells	Seurat-deprecated
SubsetColumn	SubsetColumn
SubsetData	SubsetData
subsetData	Seurat-deprecated
SubsetRow	SubsetRow
tnse.plot	Seurat-deprecated
tobit.test	Seurat-deprecated
TobitTest	TobitTest
TransferIdent	TransferIdent
tsne.plot	Seurat-deprecated
TSNEPlot	TSNEPlot
UpdateSeuratObject	UpdateSeuratObject
ValidateClusters	ValidateClusters
ValidateSpecificClusters	ValidateSpecificClusters
VariableGenePlot	VariableGenePlot
viz.ica	Seurat-deprecated
viz.pca	Seurat-deprecated
VizClassification	Seurat-deprecated
VizDimReduction	VizDimReduction
VizICA	VizICA
VizPCA	VizPCA
VlnPlot	VlnPlot
vlnPlot	Seurat-deprecated
which.cells	Seurat-deprecated
WhichCells	WhichCells
WilcoxDETest	WilcoxDETest
writ.table	Seurat-deprecated
