AddImputedScore	AddImputedScore
addImputedScore	Seurat-deprecated
AddMetaData	AddMetaData
addMetaData	Seurat-deprecated
AddSamples	AddSamples
AddSmoothedScore	AddSmoothedScore
addSmoothedScore	Seurat-deprecated
add_samples	Seurat-deprecated
AssessNodes	AssessNodes
AssessSplit	AssessSplit
average.expression	Seurat-deprecated
average.pca	Seurat-deprecated
AverageExpression	AverageExpression
AveragePCA	AveragePCA
batch.gene	Seurat-deprecated
BatchGene	BatchGene
BuildClusterTree	BuildClusterTree
buildClusterTree	Seurat-deprecated
BuildRFClassifier	BuildRFClassifier
BuildSNN	BuildSNN
calc.insitu	Seurat-deprecated
calcNoiseModels	Seurat-deprecated
calinskiPlot	Seurat-deprecated
cell.cor.matrix	Seurat-deprecated
CellPlot	CellPlot
cellPlot	Seurat-deprecated
ClassifyCells	ClassifyCells
cluster.alpha	Seurat-deprecated
ClusterAlpha	ClusterAlpha
ColorTSNESplit	ColorTSNESplit
DBClustDimension	DBClustDimension
DBclust_dimension	Seurat-deprecated
diff.t.test	Seurat-deprecated
diffExp.test	Seurat-deprecated
DiffExpTest	DiffExpTest
DiffTTest	DiffTTest
dim.plot	Seurat-deprecated
DimPlot	DimPlot
DoHeatmap	DoHeatmap
doHeatMap	Seurat-deprecated
DoKMeans	DoKMeans
doKMeans	Seurat-deprecated
dot.plot	Seurat-deprecated
DotPlot	DotPlot
feature.heatmap	Seurat-deprecated
feature.plot	Seurat-deprecated
feature.plot.keynote	Seurat-deprecated
FeatureHeatmap	FeatureHeatmap
FeaturePlot	FeaturePlot
fetch.data	Seurat-deprecated
FetchData	FetchData
find.markers	Seurat-deprecated
find.markers.node	Seurat-deprecated
FindAllMarkers	FindAllMarkers
FindAllMarkersNode	FindAllMarkersNode
FindClusters	FindClusters
FindMarkers	FindMarkers
FindMarkersNode	FindMarkersNode
find_all_markers	Seurat-deprecated
fit.gene.k	Seurat-deprecated
fit.gene.mix	Seurat-deprecated
FitGeneK	FitGeneK
gene.cor.matrix	Seurat-deprecated
GenePlot	GenePlot
genePlot	Seurat-deprecated
genes.in.cluster	Seurat-deprecated
geneScorePlot	Seurat-deprecated
get.centroids	Seurat-deprecated
GetCentroids	GetCentroids
getNewScore	Seurat-deprecated
getWeightMatrix	Seurat-deprecated
HeatmapNode	HeatmapNode
ICA	ICA
ica	Seurat-deprecated
ica.plot	Seurat-deprecated
ICAPlot	ICAPlot
ICHeatmap	ICHeatmap
icHeatmap	Seurat-deprecated
ICTopGenes	ICTopGenes
icTopGenes	Seurat-deprecated
initial.mapping	Seurat-deprecated
InitialMapping	InitialMapping
JackStraw	JackStraw
jackStraw	Seurat-deprecated
jackStraw.permutation.test	Seurat-deprecated
jackStrawFull	Seurat-deprecated
jackStrawMC	Seurat-deprecated
JackStrawPlot	JackStrawPlot
jackStrawPlot	Seurat-deprecated
KClustDimension	KClustDimension
Kclust_dimension	Seurat-deprecated
kMeansHeatmap	Seurat-deprecated
LogNormalize	LogNormalize
MakeSparse	MakeSparse
map.cell	Seurat-deprecated
marker.test	Seurat-deprecated
MarkerTest	MarkerTest
mean.var.plot	Seurat-deprecated
MeanVarPlot	MeanVarPlot
MergeNode	MergeNode
MergeSeurat	MergeSeurat
NegBinomDETest	NegBinomDETest
PCA	PCA
pca	Seurat-deprecated
pca.plot	Seurat-deprecated
pca.sig.genes	Seurat-deprecated
PCAFast	PCAFast
PCAPlot	PCAPlot
PCASigGenes	PCASigGenes
PCElbowPlot	PCElbowPlot
PCHeatmap	PCHeatmap
pcHeatmap	Seurat-deprecated
PCTopCells	PCTopCells
pcTopCells	Seurat-deprecated
PCTopGenes	PCTopGenes
pcTopGenes	Seurat-deprecated
PlotClusterTree	PlotClusterTree
plotClusterTree	Seurat-deprecated
PlotNoiseModel	PlotNoiseModel
plotNoiseModel	Seurat-deprecated
PoissonDETest	PoissonDETest
posterior.plot	Seurat-deprecated
print.pca	Seurat-deprecated
PrintPCA	PrintPCA
project.pca	Seurat-deprecated
project.samples	Seurat-deprecated
ProjectPCA	ProjectPCA
Read10X	Read10X
refined.mapping	Seurat-deprecated
RefinedMapping	RefinedMapping
RegressOut	RegressOut
regulatorScore	Seurat-deprecated
removePC	Seurat-deprecated
rename.ident	Seurat-deprecated
RenameIdent	RenameIdent
reorder.ident	Seurat-deprecated
ReorderIdent	ReorderIdent
RunDiffusion	RunDiffusion
RunTSNE	RunTSNE
run_diffusion	Seurat-deprecated
run_tsne	Seurat-deprecated
SampleUMI	SampleUMI
ScaleData	ScaleData
set.all.ident	Seurat-deprecated
set.ident	Seurat-deprecated
SetAllIdent	SetAllIdent
SetIdent	SetIdent
Setup	Setup
setup	Seurat-deprecated
seurat	seurat
seurat-class	seurat
Seurat-deprecated	Seurat-deprecated
spatial.de	Seurat-deprecated
StashIdent	StashIdent
SubsetCells	SubsetCells
subsetCells	Seurat-deprecated
SubsetData	SubsetData
subsetData	Seurat-deprecated
tnse.plot	Seurat-deprecated
tobit.test	Seurat-deprecated
TobitTest	TobitTest
tsne.plot	Seurat-deprecated
TSNEPlot	TSNEPlot
ValidateClusters	ValidateClusters
ValidateSpecificClusters	ValidateSpecificClusters
viz.ica	Seurat-deprecated
viz.pca	Seurat-deprecated
VizClassification	VizClassification
VizICA	VizICA
VizPCA	VizPCA
VlnPlot	VlnPlot
vlnPlot	Seurat-deprecated
which.cells	Seurat-deprecated
WhichCells	WhichCells
