fimo
/Users/cegrant/meme_4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc memechip_example_output_files/fimo_out_5 --bgfile memechip_example_output_files/background --motif MA0531.1 JASPAR_CORE_2014.meme memechip_example_output_files/Klf1.fna
JASPAR_CORE_2014.meme
memechip_example_output_files/Klf1.fna
0.0001
CGGACTGGTGTCGCA
0.795
CAGCTAGATGGCTTA
0.795
TCAGCAGAGGGAGCC
0.789
TAGATGGATGGAGCT
0.795
CCACTAGGGGGCGCA
0.276
GCTCCAGATGGAGCC
0.555
TCTCTAAGTGGCTCC
0.817
GAATTAGGTGGTGCC
0.817
AAAGTAGGTGGAGCC
0.789
CAAGCAGGTGTAGCT
0.817
GCGCTAGGGGGAGCC
0.555
TCCACAGATGGCTTT
0.789
ACAGAAGGGGGCGCG
0.789
CCACCAGGGGGCGCT
0.105
CACAGAGATGGAGCC
0.789
TGGCTTGATGGAGCC
0.817
ACCCCAGATGGTGTC
0.789
GAGCTGGGTGGAGCC
0.789
AACCCAGATGGAGTC
0.817
CTGGCAAGTGGAGCC
0.801
CCTCTGGGTGGAGCC
0.773
CCAGCAGAGGGCGTT
0.555
CCATCGGGTGGAGCC
0.817
CCCCTTGGGGGAGCC
0.789
ACGTTTGGGGGCGCT
0.789
CTGGCAGAGGGCGTT
0.769
GGGGCAGGGGGCGCC
0.555
CAGGAGGGTGTCGCC
0.795
CCAGCAGATGGTGCC
0.473
GAGGCAGGTGGAGCA
0.789
GCACTAGGTGGTGTA
0.789
CACCAAGATGGCGCT
0.276
CGAGCAGGTGGAGCA
0.789
GCTGCAGAGGGCTCC
0.817
TTGCTAGGTGGAGCC
0.574
GTGACAGGTGGAGCC
0.574
CCCGCTGATGGAGCC
0.789
CTGACAGATGGTGCA
0.749
CTGCCAGATGGTGCC
0.48
CACCAGGGTGGCGCG
0.789
ACACTAGGTGGAGAT
0.801
CCAGAAGGTGGAGCT
0.574
GGGCTGGGTGGAGCT
0.789
CTGCTGGGTGGAGCC
0.789
ACGGTGGATGGCGTC
0.637
CTGGTAGAGGGCTCC
0.789
ACCAAAGGTGGCTCC
0.789
CTCCCAGATGGCTTC
0.795
GCTGCAGATGGAGCA
0.789
CCACAAAATGGCTCC
0.789
ACAATGGATGGCTCC
0.789
GCAGTAGGTGTTGCC
0.789
TACACAGATGGAGCA
0.795
CCCCTAGGTGGAGTC
0.555
CTTCCGGGTGTCGCT
0.789
TTGCTAGGTGGAGCA
0.789
CGGTTAGGGGGCGTC
0.789
CCGGCGGGTGGCGCA
0.473
CCAGTGGAGGGCGCA
0.789
GCTGTAGAGGGCGCT
0.501
CCGCGAGAGGGAGCC
0.789
CCTATAAGGGGCGTT
0.789
ACTCCAGGTGGTGCT
0.574
GAGCCAGAGGGCGTG
0.789
CCCTCAGGTGGCTCA
0.795
GCTGCAGGTGGCTCA
0.795
GCTACAGATGTCTCT
0.801
CCAACAGGTGGCGCA
0.105
CAGCTAAGTGGCGTG
0.789
CCGCCAGATGGCACC
0.82
CCGACAGATGGCGTT
0.105
CGGGTGGATGGTGCC
0.789
GCATCAGGTGGCTCT
0.789
GGGACAGATGGCTCA
0.789
GTCCCAGGTGTCGCT
0.574
CCGGCTAGTGGCGTC
0.789
CAGCCAGATGTAGCT
0.789
yes