bin/compare_HLA.py
bin/compare_HLA.py.bak
bin/compare_HLA_Omixon.py
bin/compare_HLA_Omixon.py.bak
bin/extract_Omixon_HLA.py
bin/extract_Omixon_HLA.py.bak
bin/extract_exons.py
bin/extract_splice_sites.py
bin/hisat2
bin/hisat2-align-l
bin/hisat2-align-s
bin/hisat2-build
bin/hisat2-build-l
bin/hisat2-build-s
bin/hisat2-inspect
bin/hisat2-inspect-l
bin/hisat2-inspect-s
bin/hisat2_extract_exons.py
bin/hisat2_extract_snps_haplotypes_UCSC.py
bin/hisat2_extract_snps_haplotypes_VCF.py
bin/hisat2_extract_splice_sites.py
bin/hisat2_read_statistics.py
bin/hisat2_simulate_reads.py
bin/hisatgenotype.py
bin/hisatgenotype_HLA_genotyping_PGs.py
bin/hisatgenotype_HLA_genotyping_PGs.py.bak
bin/hisatgenotype_build_genome.py
bin/hisatgenotype_convert_codis.py
bin/hisatgenotype_convert_codis.py.bak
bin/hisatgenotype_extract_codis_data.py
bin/hisatgenotype_extract_codis_data.py.bak
bin/hisatgenotype_extract_cyp_data.py
bin/hisatgenotype_extract_cyp_data.py.bak
bin/hisatgenotype_extract_reads.py
bin/hisatgenotype_extract_vars.py
bin/hisatgenotype_hla_cyp.py
bin/hisatgenotype_locus.py
bin/hisatgenotype_locus_samples.py
bin/hisatgenotype_locus_samples.py.bak
bin/run_extract_CP.sh
bin/run_extract_ILMN.sh
bin/run_genotype_build.sh
bin/run_hisat2_build.sh
bin/run_type_CP.sh
lib/python3.7/site-packages/__pycache__/hisatgenotype_assembly_graph.cpython-37.pyc
lib/python3.7/site-packages/__pycache__/hisatgenotype_typing_common.cpython-37.pyc
lib/python3.7/site-packages/hisatgenotype_assembly_graph.py
lib/python3.7/site-packages/hisatgenotype_typing_common.py
