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	<Hardware_assnlist>
		<Hardware identifier="Affymetrix.com:Hardware:FluidicsStation">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:FluidicsStationPosition" name="Position">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:FluidicsStationID" name="Station ID">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:FluidicsStationStage" name="Station Stage">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
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				</Parameter>
			</ParameterTypes_assnlist>
			<Type_assn>
				<OntologyEntry category="HardwareType" value="Fluidics Station"/>
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	<Software_assnlist>
		<Software identifier="Affymetrix.com:Software:GeneChip">
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	<Protocol_assnlist>
		<Protocol identifier="Affymetrix.com:Protocol:Hybridization-EukGE-WS3_450" name="EukGE-WS3_450" title="Fluidics Station Protocol">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep2" name="Number of Wash A1 Cycles">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep3" name="Mixes per Wash A1 Cycle">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep4" name="Wash B Recovery Mixes">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep5" name="Wash B Temperature (C)">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep6" name="Number of Wash B Cycles">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep7" name="Mixes per Wash B Cycle">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep8" name="Stain Temperature (C)">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep9" name="First Stain Time (seconds)">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep10" name="Wash A2 Recovery Mixes">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep11" name="Wash A2 Temperature (C)">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep12" name="Number of Wash A2 Cycles">
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep13" name="Mixes per Wash A2 Cycle">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep14" name="Second Stain Time (seconds)">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep15" name="Third Stain Time (seconds)">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep16" name="Wash A3 Recovery Mixes">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep17" name="Wash A3 Temperature (C)">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep18" name="Number of Wash A3 Cycles">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep19" name="Mixes per Wash A3 Cycle">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep20" name="Holding Temperature (C)">
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			</ParameterTypes_assnlist>
			<Type_assn>
				<OntologyEntry category="ProtocolType" value="Hybridization"/>
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				<Hardware_ref identifier="Affymetrix.com:Hardware:FluidicsStation"/>
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			<Softwares_assnreflist>
				<Software_ref identifier="Affymetrix.com:Software:GeneChip"/>
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		<Protocol identifier="Affymetrix.com:Protocol:UseCase_U2:Test3" title="Userset" name="UseCase_U2">
			<PropertySets_assnlist>
				<NameValueType name="Probe Array Type" value="Test3" type="string"/>
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			<ParameterTypes_assnlist>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:HorizontalZones" name="HorizontalZones">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:VerticalZones" name="VerticalZones">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:NumBGCells" name="NumBGCells">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:NormFactor" name="NormFactor">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:TGT" name="TGT">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ScaleFactor" name="ScaleFactor">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:IntensityLowPercent" name="IntensityLowPercent">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:IntensityHighPercent" name="IntensityHighPercent">
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						<Measurement value="2.000000"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Alpha1" name="Alpha1">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Alpha2" name="Alpha2">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Tau" name="Tau">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ContrastTau" name="ContrastTau">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Epsilon" name="Epsilon">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:TuningConstantCSB" name="TuningConstantCSB">
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:TuningConstantCAvgLogInten" name="TuningConstantCAvgLogInten">
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						<Measurement value="5.000000"/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:TuningConstantCAvgLogRatio" name="TuningConstantCAvgLogRatio">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="5.000000"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:TuningConstantCGammas" name="TuningConstantCGammas">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="5.000000"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EpsilonSB" name="EpsilonSB">
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						<Measurement value="0.000100"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EpsilonAvgLogInten" name="EpsilonAvgLogInten">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="0.000100"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EpsilonAvgLogRatio" name="EpsilonAvgLogRatio">
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:EpsilonGammas" name="EpsilonGammas">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:SmoothFactorBG" name="SmoothFactorBG">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:NoiseFrac" name="NoiseFrac">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="0.500000"/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ScaleTau" name="ScaleTau">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="10.000000"/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Delta" name="Delta">
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						<Measurement value="9.536743e-007"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Gamma1H" name="Gamma1H">
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Gamma1L" name="Gamma1L">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="0.002500"/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Gamma2H" name="Gamma2H">
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						<Measurement value="0.003000"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Gamma2L" name="Gamma2L">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:Perturbation" name="Perturbation">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:CMultiplier" name="CMultiplier">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:BHCoef" name="BHCoef">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:BLCoef" name="BLCoef">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:BiasCorrect" name="BiasCorrect">
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						<Measurement value="0.000000"/>
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
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				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:RelConfInterval" name="RelConfInterval">
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						<Measurement value="0.975000"/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
					</DataType_assn>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:STP" name="STP">
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						<OntologyEntry category="DataType" value="float"/>
					</DataType_assn>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:AlgorithmName" name="Algorithm Name">
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						<Measurement value="ExpressionStat"/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:VersionNumber" name="Version Number">
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
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				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:BaselineFile" name="Baseline File">
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						<Measurement value=""/>
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ScaleMaskFile" name="Scale Mask File">
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					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:NormMaskFile" name="Norm Mask File">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value=""/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ProbeMaskFile" name="Probe Mask File">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value=""/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:NormMethod" name="NormMethod">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="2"/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:SFMethod" name="SFMethod">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="1"/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="integer"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:ProgID" name="ProgID">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value=""/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
				<Parameter identifier="Affymetrix.com:Parameter:UsersetUsed" name="UsersetUsed">
					<DefaultValue_assn>
						<Measurement value="UseCase_U2"/>
					</DefaultValue_assn>
					<DataType_assn>
						<OntologyEntry category="DataType" value="string"/>
					</DataType_assn>
				</Parameter>
			</ParameterTypes_assnlist>
			<Type_assn>
				<OntologyEntry category="ProtocolType" value="Userset"/>
			</Type_assn>
			<Softwares_assnreflist>
				<Software_ref identifier="Affymetrix.com:Software:GeneChip"/>
			</Softwares_assnreflist>
		</Protocol>
	</Protocol_assnlist>
</Protocol_package>
<BioMaterial_package>
	<BioMaterial_assnlist>
		<BioSource identifier="DJCV4V01:BioSource:Wash_Stain_Example" name="Wash_Stain_Example">
			<AuditTrail_assnlist>
				<Audit date="2005-07-17T05:34:00Z" action="creation"/>
			</AuditTrail_assnlist>
			<Characteristics_assnlist>
				<OntologyEntry category="Affymetrix:Sample Project" value="DTT_1_1_Sample_data"/>
			</Characteristics_assnlist>
			<MaterialType_assn>
				<OntologyEntry category="MaterialType" value="Sample File"/>
			</MaterialType_assn>
			<SourceContact_assnreflist>
				<Person_ref identifier="DJCV4V01:Person:skaush"/>
			</SourceContact_assnreflist>
		</BioSource>
	</BioMaterial_assnlist>
</BioMaterial_package>
<ArrayDesign_package>
	<ArrayDesign_assnlist>
		<PhysicalArrayDesign identifier="Affymetrix.com:PhysicalArrayDesign:Test3" name="Test3"/>
	</ArrayDesign_assnlist>
</ArrayDesign_package>
<Array_package>
	<Array_assnlist>
		<Array identifier="Affymetrix.com:Array:Sample_1_Wash_Stain_Param">
			<ArrayDesign_assnref>
				<PhysicalArrayDesign_ref identifier="Affymetrix.com:PhysicalArrayDesign:Test3"/>
			</ArrayDesign_assnref>
			<Information_assnref>
				<ArrayManufacture_ref identifier=""/>
			</Information_assnref>
		</Array>
	</Array_assnlist>
</Array_package>
<BioAssay_package>
	<BioAssay_assnlist>
		<PhysicalBioAssay identifier="Affymetrix.com:PhysicalBioAssay:Sample_1_Wash_Stain_Param:Hybridization" name="Sample_1_Wash_Stain_Param">
			<BioAssayCreation_assn>
				<Hybridization identifier="DJCV4V01:Hybridization:Sample_1_Wash_Stain_Param" name="EukGE-WS3_450">
					<ProtocolApplications_assnlist>
						<ProtocolApplication activityDate="2005-07-17T05:41:00Z">
							<ParameterValues_assnlist>
								<ParameterValue value="0">
									<ParameterType_assnref>
										<Parameter_ref identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep0"/>
									</ParameterType_assnref>
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								<ParameterValue value="25">
									<ParameterType_assnref>
										<Parameter_ref identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep1"/>
									</ParameterType_assnref>
								</ParameterValue>
								<ParameterValue value="10">
									<ParameterType_assnref>
										<Parameter_ref identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep2"/>
									</ParameterType_assnref>
								</ParameterValue>
								<ParameterValue value="2">
									<ParameterType_assnref>
										<Parameter_ref identifier="Affymetrix.com:Parameter:EukGE-WS3_450.HybridizationStep3"/>
									</ParameterType_assnref>
								</ParameterValue>
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									<ParameterType_assnref>
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