bin/umicollapse
share/umicollapse-1.1.0-0/LICENSE
share/umicollapse-1.1.0-0/Manifest.txt
share/umicollapse-1.1.0-0/README.md
share/umicollapse-1.1.0-0/build.sh
share/umicollapse-1.1.0-0/build_env_setup.sh
share/umicollapse-1.1.0-0/conda_build.sh
share/umicollapse-1.1.0-0/lib/htsjdk-2.19.0.jar
share/umicollapse-1.1.0-0/lib/snappy-java-1.1.7.3.jar
share/umicollapse-1.1.0-0/metadata_conda_debug.yaml
share/umicollapse-1.1.0-0/run.sh
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/AddUMITag.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/BenchmarkTime.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/CompareDedupUMI.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/GenerateManyRandEdits.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/GenerateRandEdits.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/ParallelBenchmarkTime.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/TestBitSet.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/TestDataStructures.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/TestParallelDataStructures.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/test/TestUtils.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/Adjacency.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/Algo.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/Algorithm.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/ConnectedComponents.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/Directional.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/ParallelAdjacency.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/ParallelAlgorithm.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/ParallelConnectedComponents.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/algo/ParallelDirectional.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/BKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/Combo.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/Data.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/DataStructure.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/FenwickBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/Naive.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/Ngram.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/NgramBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/ParallelBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/ParallelDataStructure.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/ParallelFenwickBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/ParallelNaive.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/SortBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/SortNgramBKTree.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/SymmetricDelete.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/data/Trie.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/main/DeduplicateFASTQ.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/main/DeduplicateSAM.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/main/Main.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/merge/AnyMerge.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/merge/AvgQualMerge.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/merge/MapQualMerge.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/merge/Merge.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/BitSet.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/ClusterTracker.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/FASTQRead.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/Read.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/ReadFreq.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/SAMRead.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/UmiFreq.java
share/umicollapse-1.1.0-0/src/umicollapse/util/Utils.java
share/umicollapse-1.1.0-0/test.sh
share/umicollapse-1.1.0-0/umicollapse
share/umicollapse-1.1.0-0/umicollapse.jar
