.. raw:: html

  <LINK rel="stylesheet" type="text/css" href="_static/MView.css">

.. toctree::
   :hidden:

   contents


MView
=====

**MView** is a command line utility that extracts and reformats the results of
a sequence database search or a multiple alignment, optionally adding HTML
markup for web page layout. It can also be used as a filter to extract and
convert searches or alignments to common formats.

.. mview -in fasta -html head -css on -ruler on -srs on -colormap clustal
..   -coloring consensus -threshold 90 -consensus on -con_threshold 90,80
..   -con_ignore class -con_coloring any data.dat 

.. raw:: html

  <PRE>
                                    1 [        .         .         .         .         :         .         .         ] 80
  1 <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=P00533">sp|P00533.2|EGFR_HUMAN</A>  100.0%    <FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">KI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>AF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">T</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">YK</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">IPEGEK---------VKIP</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">TSPK-ANK</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S41>DE</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">Y</FONT><FONT CLASS=S37>VM</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S37>LL</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT>   
  2 <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=Q9I7F7">sp|Q9I7F7.3|PR2_DROME</A>    35.7%    <FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT COLOR="#666666">VN</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">T</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">QQ</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">SNGNE-----------RIQ</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">RMQS-NPM</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S37>IM</FONT><FONT COLOR="#666666">H</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>IV</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S39>Y</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>VV</FONT>   
  3 <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=Q08881">sp|Q08881.1|ITK_HUMAN</A>    32.9%    <FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT COLOR="#666666">FV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">HL</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">Y</FONT><FONT CLASS=S37>W</FONT><FONT COLOR="#666666">LN--------------KDK</FONT><FONT CLASS=S37>VAI</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">AMS---EE</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S41>EE</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>VM</FONT><FONT COLOR="#666666">M</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>LV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S39>Y</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT>   
  4 <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=Q13308">sp|Q13308.2|PTK7_HUMAN</A>   21.2%    <FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT COLOR="#666666">EV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">Q</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">V</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">A</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">VL</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">TGLS-XLPKGSMNADGVAL</FONT><FONT CLASS=S37>VAV</FONT><FONT CLASS=S36>KK</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">P</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT COLOR="#666666">VSD-EVLQ</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT COLOR="#666666">D</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>FM</FONT><FONT COLOR="#666666">S</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">D</FONT><FONT CLASS=S38>S</FONT><FONT CLASS=S37>IV</FONT><FONT CLASS=S38>Q</FONT><FONT CLASS=S37>LLAI</FONT><FONT CLASS=S40>C</FONT>   
  5 <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=P34265">sp|P34265.4|KIN31_CAEEL</A>  31.5%    <FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">LT</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>AF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">E</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">WK</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">K</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT COLOR="#666666">LKILDA-------NHQPVL</FONT><FONT CLASS=S37>VAV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S38>T</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">L</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">SMTKEQIK</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>I</FONT><FONT COLOR="#666666">M</FONT><FONT CLASS=S36>R</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S37>LM</FONT><FONT COLOR="#666666">R</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT CLASS=S41>D</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">I</FONT><FONT CLASS=S38>N</FONT><FONT CLASS=S37>VV</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT CLASS=S37>FF</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT>   
    consensus/90%                     <FONT COLOR="#666666">.......</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">........................</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">.................</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT COLOR="#666666">...</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">...............</FONT>   
    consensus/80%                     <FONT COLOR="#666666">....</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>F</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">.....................</FONT><FONT CLASS=S37>VA</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S36>K</FONT><FONT COLOR="#666666">.................</FONT><FONT CLASS=S41>E</FONT><FONT CLASS=S37>A</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT><FONT CLASS=S37>M</FONT><FONT COLOR="#666666">....</FONT><FONT CLASS=S39>H</FONT><FONT COLOR="#666666">...</FONT><FONT CLASS=S37>V</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S37>L</FONT><FONT COLOR="#666666">.</FONT><FONT CLASS=S43>G</FONT><FONT COLOR="#666666">..</FONT>   
  </PRE>

Inputs:

- Sequence database search: BLAST, FASTA suites.
- Multiple sequence alignment: CLUSTAL, HSSP, MSF, FASTA, PIR, MAF.

Outputs:

- HTML, FASTA, CLUSTAL, MSF, PIR, RDB (tab-separated).


Documentation
^^^^^^^^^^^^^

* `Contents <contents.html>`_
* `Introduction <manual/intro.html>`_
* `Manual <manual/manual.html>`_
* `Input formats <manual/formats_in.html>`_
* `Output formats <manual/formats_out.html>`_
* `FAQ <manual/faq.html>`_


Download
^^^^^^^^

The `latest release`_ of the software on GitHub can be downloaded by clicking
on the 'releases' tab then selecting a version and archive format (zip or
tar.gz).

A snapshot of the (possibly unstable) development code can be downloaded using
the 'Download ZIP' button on the main page.

Tarballs and bzip2 archives of releases can also be found at the older
`SourceForge archive`_.

.. _latest release:       https://github.com/desmid/mview
.. _SourceForge archive:  http://sourceforge.net/projects/bio-mview/


Found a bug?
^^^^^^^^^^^^

Please send an email to *biomview _at_ gmail.com*.

If MView isn't able to parse your input file or produces a warning message, it
would be very helpful if you can include/attach the data file in your email so
that I can (1) quickly reproduce the error, and (2) add the example to the
test suite.


Citation
^^^^^^^^

If you use MView in your work, please cite:

    Brown, N.P., Leroy C., Sander C. (1998). MView: A Web compatible database
    search or multiple alignment viewer. *Bioinformatics*. **14** (4):380-381.
    [`PubMed <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9632837?dopt=Abstract>`_]


Copyright and licence
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

MView and associated libraries are Open Source Software with copyright
protected under the `GNU General Public License, version 2`_.

.. _GNU General Public License, version 2: etc/Licence.html


.. END
