fimo
fimo --verbosity 1 --oc memechip_example_output_files/fimo_out_2 --bgfile memechip_example_output_files/background --motif NWGATAAG memechip_example_output_files/meme_out/meme.xml memechip_example_output_files/Klf1.fna
memechip_example_output_files/meme_out/meme.xml
memechip_example_output_files/Klf1.fna
0.0001
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
TTGATAAG
0.279
GTGATAAG
0.234
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
TTGATAAG
0.279
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
TTGATAAG
0.279
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
TTGATAAG
0.279
TTGATAAG
0.279
TTGATAAG
0.279
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TTGATAAG
0.279
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
TAGATAAG
0.252
TAGATAAG
0.252
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GTGATAAG
0.234
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CTGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
TAGATAAG
0.252
TAGATAAG
0.252
GAGATAAG
0.209
CAGATAAG
0.209
GAGATAAG
0.209
yes