fimo
fimo --verbosity 1 --oc xstreme_example_output_files/fimo_out_10 --bgfile xstreme_example_output_files/background --motif 7-CAAGATGGC xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml
nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
0.0001
CAAGAGGTC
0.281
CAAGAGGGC
0.14
CAAGATGCC
0.201
CAAGAGGGC
0.14
GAAAATGGC
0.236
CAAGATGGC
0.122
CAAGAGGGC
0.14
CTAGATGGC
0.204
GAAGATGGC
0.14
CAAGATGCC
0.201
CAAGACGGC
0.186
CAAGATTGC
0.236
CAAAATGGC
0.122
CAAAATGGC
0.122
CAAGATGGT
0.204
CAAGAGGTC
0.281
CAAGAGGGC
0.14
CAAGAGGGC
0.14
CAAAATGTC
0.265
CTAGATGGC
0.204
CTAGATGGC
0.204
CTAGATGGC
0.204
GAAGAGGGC
0.257
CAAGATGGC
0.122
CTAGATGGC
0.204
GAAGACGGC
0.325
CAAGAGGCC
0.355
GAAGACGGC
0.325
CTAGATGGC
0.204
CAAGAGGGC
0.14
GAAGAGGGC
0.257
CAAGATGGC
0.122
CAAGACGGC
0.186
CAAGATGCC
0.201
GAAGAGGGC
0.257
CAAGATGAC
0.23
CAAGATTGC
0.236
CAAAATGGC
0.122
GAAAATGGC
0.236
CAAGATGGC
0.122
CAAGATGGC
0.122
CAAAATGGC
0.122
CAAAATGGC
0.122
CAAGATGCC
0.201
CAAGAGGTC
0.281
CAAGAGGGC
0.14
CAAGAGGGC
0.14
CAAGATGGT
0.204
CAAGAGGGC
0.14
GAAGATGGC
0.14
GAAGAGGGC
0.257
GAAGAGGGC
0.257
CAAGATGGC
0.122
CAAGATGGT
0.204
CAAAATGGT
0.358
CAAGAGGGC
0.14
GAAGATGCC
0.338
CAAGATGGC
0.122
GAAAATGGC
0.236
CAAGAGGGC
0.14
CAAAATGGC
0.122
GAAGAGGGC
0.257
CAAGATGTC
0.157
CAAAATGGC
0.122
GAAGATGTC
0.276
CAAGAGGGC
0.14
CAAGAGGTC
0.281
CTAGATGGC
0.204
CAAGATGGC
0.122
CAAGATGTC
0.157
CAAAATGGC
0.122
CAAGATGGC
0.122
GAAAATGGC
0.236
CAATATGGC
0.216
GAAGATGGC
0.14
CAAGATGGC
0.122
GAAAATGGC
0.236
CAAGATGGC
0.122
CAAAATGGC
0.122
GAAGATGGC
0.14
CAAGATGGC
0.122
CAAGAGGGC
0.14
GAAGATGGC
0.14
CAAAATGGC
0.122
GAAAATGGC
0.236
GAAAATGGC
0.236
CAAAATGGT
0.358
GAAGATGGC
0.14
CAAAAGGGC
0.252
CAAAATGGC
0.122
CAAGACGGC
0.186
CTAGATGGC
0.204
CTAGATGGC
0.204
CTAGATGGC
0.204
CAAGAGGGC
0.14
CAATATGGC
0.216
CAAGATGTC
0.157
GAAGATGGC
0.14
CAAGAGGGC
0.14
yes