fimo
fimo --verbosity 1 --oc xstreme_example_output_files/fimo_out_1 --bgfile xstreme_example_output_files/background --motif 2-GCTGAGTCATN xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml
nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
0.0001
GGTGACTCATA
0.0346
TATGAGTCACC
0.0688
TCTTAGTCATC
0.104
GATGACTCACA
0.0363
TGTGAGTCATC
0.0646
GATGAGTCATT
0.0152
AATGACTCATC
0.078
TATGAGTCATT
0.0423
AATGACTCATA
0.0786
GATGACTCACT
0.0397
AGTGAGTCATC
0.0833
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGTGTCACA
0.057
GATGAGTCAGA
0.0284
TCTGACTCATC
0.0378
GGTGAGTCACA
0.0392
GATGACTCATT
0.0224
AATGAGTCATC
0.0498
TCTGAGTCACT
0.0446
GTTGAGTCATG
0.0235
GCTGACTCACA
0.0221
CCTGACTCACT
0.0953
GATGAGTCACT
0.0267
CCTGAGTCACA
0.0555
CCTGACTCACG
0.0807
GGTGAGTCACG
0.0368
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GGTGAGTCATG
0.0189
CCTGAGTCATT
0.0353
CATGAGTCATA
0.0519
TATGACTCATG
0.0603
TCTGAGTCATA
0.0261
GATGACTCACT
0.0397
AGTGAGTCATC
0.0833
CCTGAGTCACC
0.0548
GGTGACTCAGG
0.07
GATGAGTCATG
0.0103
CATGACTCATC
0.078
GATGACTCATA
0.0189
TATGAGTCATC
0.0397
GCTGAGTCATT
0.0078
GCTGACTCAAC
0.0427
GTTGAGTCAGC
0.0519
GTTGAGTCATG
0.0235
CATGAGTCATG
0.0481
CATGACTCATG
0.0762
CCTGAGTCACA
0.0555
GCTGAGTCATG
0.00705
GATGAGTCAGA
0.0284
TCTGACTCATC
0.0378
GCTGAGTCAGC
0.0166
GCTGACTCAGC
0.0274
ACTGACTCATG
0.0454
GGTGACTCACG
0.0574
ACTGAGTCATT
0.0351
GATGAGTCACT
0.0267
GCTGAGTCACT
0.0154
GGTGAGTCATG
0.0189
GCTGAGTCATA
0.00705
CCTGAGTCACT
0.0615
GCTGAGTCATA
0.00705
GGTGAGTCACC
0.0378
GGTGACTCACC
0.0592
GCTGAGTCATG
0.00705
TCTGAGTCATA
0.0261
TCTGAGTCATG
0.0232
GCTGAGTCACG
0.0142
AGTGAGTCATG
0.0794
TCTGAATCATA
0.0739
TATGAGTCATT
0.0423
AATGACTCATA
0.0786
GATGAGTCACT
0.0267
GCAGAGTCAGA
0.0782
CCTGAGTCACG
0.0523
GCTGTGTCACT
0.0616
GGTGACTCACT
0.0646
GCAGAGTCACA
0.0651
GCTGTGTCAGC
0.0688
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGACTCATG
0.00857
GCTGAGTCAAT
0.031
GATGACTCACA
0.0363
TGTGAGTCATC
0.0646
GATTAGTCACC
0.0974
AGTGAGTCATA
0.0861
TCTGAGTCACA
0.0423
GCTGACTCACA
0.0221
GATGAGTCACA
0.0228
TGTGACTCATC
0.103
GATGAGTCATG
0.0103
CATGACTCATC
0.078
GCTGAGTCAAG
0.0282
CCTGACTCACT
0.0953
GCTGAATCACC
0.0423
GGTGACTCATG
0.0329
CATGAGTCACC
0.0893
GCTGAGTCACA
0.0149
GCTGACTCACC
0.0208
GGTGAGTCAGC
0.0443
GCTGACTCATT
0.0148
GCTGTGTCACC
0.0555
CCTGAGTCACC
0.0548
GGTGACTCAGG
0.07
GCTGAGTCATT
0.0078
AATGAGTCATG
0.0481
GCTGAGTAATT
0.0643
CATGACTCATT
0.0893
GCTGAGTCACA
0.0149
GCTGACTCAGA
0.0282
TCTGAGTCAGC
0.0506
GCTGAGTCAGA
0.0174
TCTGACTCAGC
0.0782
GCTGAGTCACA
0.0149
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGACTCATC
0.00949
GATGAGTCAGC
0.0282
GCTGAGTCAGG
0.0162
GGTGAGTCATG
0.0189
GCTGAGTCATT
0.0078
GCTGAATCATC
0.0256
GCTGACTCACC
0.0208
GGTGAGTCAGC
0.0443
GCAGAGTCATC
0.0374
ACTGAGTCACC
0.0547
GGTGACTCAGT
0.0781
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
ACTGACTCATA
0.0483
TATGAGTCAGT
0.0939
GCTGACTCAGA
0.0282
TCTGAGTCAGC
0.0506
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
GGTGACTCATG
0.0329
CATGAGTCACC
0.0893
GCTGAGTCAGC
0.0166
GCTGACTCAGC
0.0274
GCTGAGTCAGC
0.0166
GCTGACTCAGC
0.0274
GCTGACTCATG
0.00857
GGTGAGTCAGG
0.0435
CCTGACTCACC
0.0846
GCTGAGTAATC
0.059
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
TCTGACTCACT
0.0713
GCTGACTCATG
0.00857
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAGTCACA
0.0149
GTTGAGTCATG
0.0235
GCTGAGTCAGC
0.0166
GCTGACTCAGC
0.0274
GCTGTGTCACC
0.0555
GCTGAATCATT
0.0274
GCTGACTCATT
0.0148
GATGACTCATG
0.0185
CATGAGTCATC
0.0502
GATGAGTCATT
0.0152
AATGACTCATC
0.078
GCTTAGTCATC
0.0339
GCTGTGTCACT
0.0616
CCTGAGTCATC
0.031
GATGACTCAGG
0.0423
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGACTAATG
0.0889
GGTGACTCATT
0.0378
AATGAGTCACC
0.0893
GGTGAGTCATG
0.0189
GATGACTCACT
0.0397
AGTGAGTCATC
0.0833
GCTGAGTCATA
0.00705
CATGAGTCATG
0.0481
CATGACTCATG
0.0762
GATGAGTCATA
0.0128
TATGACTCATC
0.0616
GTTGACTCATG
0.0374
GATGACTCATT
0.0224
AATGAGTCATC
0.0498
GTTGTGTCATC
0.099
GCTTACTCACC
0.0935
GGTGAGTCACA
0.0392
CCTGACTCATG
0.046
TGTGAGTCATT
0.0707
ACTGACTCATA
0.0483
TATGAGTCAGT
0.0939
GCTGAGTCATA
0.00705
GATGAGTCAGA
0.0284
TCTGACTCATC
0.0378
GATGACTCATT
0.0224
AATGAGTCATC
0.0498
TATGAGTCATT
0.0423
AATGACTCATA
0.0786
GATGAGTCAGA
0.0284
TCTGACTCATC
0.0378
TCTGACTCACT
0.0713
GATGAGTCATG
0.0103
CATGACTCATC
0.078
GCTGACTCATT
0.0148
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTGAATCATG
0.0234
GCTGAGTCAAG
0.0282
GCTGAGTCACT
0.0154
GCTGACTCATG
0.00857
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
CCTGAGTCACG
0.0523
GCTGAGTCACG
0.0142
GCTGACTCATC
0.00949
GATGAGTCAGC
0.0282
TCTGAGTCAGT
0.0578
GCTGACTCACC
0.0208
GGTGAGTCAGC
0.0443
GCTGTGTCACT
0.0616
GCTGAATCATG
0.0234
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGAGTCATA
0.00705
GTTGAGTCATT
0.0282
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
GCTGAGTCAGT
0.018
TCTGAGTCATA
0.0261
CCTGAGTCATG
0.0301
GCTGAGTCAGG
0.0162
GCTGAGTCATT
0.0078
TATGAGTCATT
0.0423
AATGACTCATA
0.0786
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAATCACT
0.0447
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
CCTGAGTCATC
0.031
GATGACTCAGG
0.0423
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGTGTCATG
0.0301
GCAGAGTCATC
0.0374
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTTACTCATG
0.0503
GCTGAATCATT
0.0274
GCTGAGTCATA
0.00705
GATGAGTCATC
0.012
GATGACTCATC
0.0185
GCTGAGTCACT
0.0154
GCAGAGTCACA
0.0651
GCTGACTCATC
0.00949
GATGAGTCAGC
0.0282
GCTGACTCATG
0.00857
GGTGAGTCATC
0.0205
GATGACTCACC
0.0356
GCTGTCTCATG
0.0465
GATGAGTCACT
0.0267
GCTTAGTCATG
0.0331
GCTGAGTCACT
0.0154
GCTGACTCATC
0.00949
GATGAGTCAGC
0.0282
GCTGAGTCAGC
0.0166
GCTGACTCAGC
0.0274
GATGAGTCATC
0.012
GATGACTCATC
0.0185
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGTGTCATG
0.0301
GCTGACTCACC
0.0208
GGTGAGTCAGC
0.0443
GCTGAGTCACA
0.0149
GCTGAGTCACT
0.0154
GCTGAGTCATA
0.00705
GCTGACTCACG
0.0198
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGACTCACA
0.0221
GCTGAGTCAGT
0.018
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
GCTGAGTCATT
0.0078
GCTGAGTCACC
0.0148
GGTGACTCAGC
0.0707
GCTGACTCATC
0.00949
GATGAGTCAGC
0.0282
GCTGTGTCATT
0.0358
GCTGTGTCATG
0.0301
TCTGACTCATT
0.0423
GCTCAGTCATC
0.0446
ACTGAGTCACC
0.0547
GGTGACTCAGT
0.0781
TCTGACTCACA
0.0675
GCTGACTCACA
0.0221
GATGAGTCAAG
0.0429
GGTGAGTCAGT
0.0506
ACTGACTCACC
0.0842
ACTGAGTCATG
0.0297
CTTGAGTCATA
0.0993
GCTGTATCATA
0.0998
GCTGACTCATT
0.0148
GCTGAGTCAAG
0.0282
GGTGAGTCACT
0.0423
GATGAGTCATC
0.012
GATGACTCATC
0.0185
GCTCAGTCAGA
0.103
GCTGAGTCATG
0.00705
ACTGAGTCAGT
0.0737
GATGAGTCATC
0.012
GATGACTCATC
0.0185
TCTGAGTCATT
0.0274
GCTGACTCATG
0.00857
GCTGACTCACA
0.0221
GCAGACTCATC
0.0582
AATGAGTCACT
0.0997
GATGACTCATT
0.0224
AATGAGTCATC
0.0498
GATGGGTCATG
0.078
CATGAGTCACT
0.0998
TCTGAGTCATT
0.0274
GCTGAGTCATG
0.00705
GCTGAGTCACA
0.0149
TTTGAGTCATT
0.0794
CCTGAGTCATC
0.031
GATGACTCAGG
0.0423
CCTGAGTCACC
0.0548
GGTGACTCAGG
0.07
ACTGAGTCATC
0.0308
GATGACTCAGT
0.0466
GCTGAGTCATC
0.00705
GATGACTCAGC
0.0423
GCTGAGTCATG
0.00705
GGTGAGTCATG
0.0189
GATGAGTCAGA
0.0284
TCTGACTCATC
0.0378
GCTGGGTCATA
0.0506
GCTGGCTCATT
0.0886
TCTGAGTCACA
0.0423
CCTGACTCACT
0.0953
AATGAGTCACA
0.0909
GCTGAGTCATT
0.0078
GATGTGTCATG
0.0495
GCTGACTCATG
0.00857
GATGACTCATT
0.0224
AATGAGTCATC
0.0498
GCTGAGTCAGG
0.0162
yes