### - a -

- aliFiles : Multilign_object
- align : Dynalign_object
- array : Dynalign_object

### - c -

- compoundmessage : TwoRNA
- ct : RNA
- ct_files : Multilign_object
- ct_templated : Dynalign_object

### - d -

- data : Dynalign_object , Thermodynamics
- dGIndex : Multilign_object
- drawallocated : RNA
- dsv_templated : Dynalign_object
- dsvFiles : Multilign_object

### - e -

- energies : Multilign_object
- energyallocated : RNA
- energyread : Thermodynamics
- enthalpy : Thermodynamics
- ErrorCode : Multilign_object , RNA
- ErrorCodeTwo : TwoRNA
- ev : RNA
- ew : RNA
- ew2 : RNA
- ew3 : RNA
- ew5 : RNA
- ewmb : RNA
- ewmb2 : RNA

### - f -

- fce : RNA
- forbidunimolecular : HybridRNA
- forcealign : Dynalign_object

### - g -

- gap : Dynalign_object

### - h -

- highend : Dynalign_object

### - i -

- input_alignment : Multilign_object
- input_sequences : Multilign_object
- inputList : Multilign_object
- instance : Multilign_object
- isrna : Thermodynamics
- isRNA : Multilign_object
- iterations : Multilign_object

### - l -

- length : Oligowalk_object
- lfce : RNA
- lowend : Dynalign_object
- lowest : Dynalign_object

### - m -

- MAXDSV : Dynalign_object
- maxDsv : Multilign_object
- maxPairs : Multilign_object
- Maxtrace : Dynalign_object
- mod : RNA
- modificationflag : Dynalign_object

### - n -

- num_processors : Multifind_object
- numofsubstructures : Oligowalk_object

### - o -

- output_multifind : Multilign_object

### - p -

- pair_alignments : Multilign_object
- partitionfunctionallocated : RNA
- pfdata : RNA
- prefilter : Oligowalk_object
- progress : Multilign_object , RNA

### - q -

- Q : RNA

### - r -

- rna1 : TwoRNA
- rna2 : TwoRNA

### - s -

- savefileread : Dynalign_object
- seqPair : Multilign_object
- sequences : HybridRNA
- SHAPEIntercept : Multilign_object
- SHAPESlope : Multilign_object
- structurecoordinates : RNA

### - t -

- table : Oligowalk_object
- temp : Thermodynamics
- temperature : Multilign_object
- templatefilename : Dynalign_object

### - v -

- v : Dynalign_object , RNA
- vmin : RNA
- vmod : Dynalign_object

### - w -

- w : Dynalign_object , RNA
- w3 : RNA , Dynalign_object
- w5 : Dynalign_object , RNA
- wca : RNA
- wcoax : RNA
- wl : RNA
- wmb : RNA
- wmbl : RNA