### - s -

- SetExtrinsic() : RNA
- SetForbidIntramolecular() : HybridRNA
- SetIndexSeq() : Multilign_object
- SetIterations() : Multilign_object
- SetMaxDsv() : Multilign_object
- SetMaxPairs() : Multilign_object
- SetModifier() : RNA
- SetNucType() : Multilign_object
- SetProgress() : Dynalign_object , HybridRNA , Multilign_object , RNA
- SetSHAPEIntercept() : Multilign_object
- SetSHAPESlope() : Multilign_object
- SetTemperature() : Multilign_object , Thermodynamics , TwoRNA
- SetupBimolecular() : HybridRNA
- single_z_predict() : Multifind_object
- SpecifyPair() : RNA
- Stochastic() : RNA
- StopProgress() : Dynalign_object , Multilign_object , RNA , HybridRNA
- storetemplatefilename() : Dynalign_object
- sum_multifind() : Multifind_object