use Bio::Align::AlignI;
use Bio::Align::DNAStatistics;
use Bio::Align::Graphics;
use Bio::AlignIO;
use Bio::AlignIO::arp;
use Bio::AlignIO::bl2seq;
use Bio::AlignIO::clustalw;
use Bio::AlignIO::emboss;
use Bio::AlignIO::fasta;
use Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler;
use Bio::AlignIO::largemultifasta;
use Bio::AlignIO::maf;
use Bio::AlignIO::mase;
use Bio::AlignIO::mega;
use Bio::AlignIO::meme;
use Bio::AlignIO::metafasta;
use Bio::AlignIO::msf;
use Bio::AlignIO::nexml;
use Bio::AlignIO::nexus;
use Bio::AlignIO::pfam;
use Bio::AlignIO::phylip;
use Bio::AlignIO::po;
use Bio::AlignIO::proda;
use Bio::AlignIO::prodom;
use Bio::AlignIO::psi;
use Bio::AlignIO::selex;
use Bio::AlignIO::stockholm;
use Bio::AlignIO::xmfa;
use Bio::Align::PairwiseStatistics;
use Bio::Align::ProteinStatistics;
use Bio::Align::StatisticsI;
use Bio::Align::Utilities;
use Bio::AnalysisI;
use Bio::AnalysisParserI;
use Bio::AnalysisResultI;
use Bio::AnnotatableI;
use Bio::Annotation::AnnotationFactory;
use Bio::Annotation::Collection;
use Bio::AnnotationCollectionI;
use Bio::Annotation::Comment;
use Bio::Annotation::DBLink;
use Bio::AnnotationI;
use Bio::Annotation::OntologyTerm;
use Bio::Annotation::Reference;
use Bio::Annotation::Relation;
use Bio::Annotation::SimpleValue;
use Bio::Annotation::StructuredValue;
use Bio::Annotation::TagTree;
use Bio::Annotation::Target;
use Bio::Annotation::Tree;
use Bio::Annotation::TypeManager;
use Bio::Assembly::Contig;
use Bio::Assembly::ContigAnalysis;
use Bio::Assembly::IO;
use Bio::Assembly::IO::ace;
# use Bio::Assembly::IO::bowtie; requires Bio::Tools::Run::Samtools from perl-bioperl-run
use Bio::Assembly::IO::maq;
use Bio::Assembly::IO::phrap;
use Bio::Assembly::IO::tigr;
use Bio::Assembly::Scaffold;
use Bio::Assembly::ScaffoldI;
use Bio::Assembly::Singlet;
use Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum;
use Bio::Cluster::ClusterFactory;
use Bio::Cluster::FamilyI;
use Bio::ClusterI;
use Bio::ClusterIO;
use Bio::ClusterIO::dbsnp;
use Bio::ClusterIO::unigene;
use Bio::Cluster::SequenceFamily;
use Bio::Cluster::UniGene;
use Bio::Cluster::UniGeneI;
use Bio::CodonUsage::IO;
use Bio::CodonUsage::Table;
use Bio::Das::FeatureTypeI;
use Bio::DasI;
use Bio::Das::SegmentI;
use Bio::DB::Ace;
use Bio::DB::BioFetch;
use Bio::DB::CUTG;
use Bio::DB::DBFetch;
use Bio::DB::EMBL;
use Bio::DB::Expression;
# use Bio::DB::Expression::geo; requires non-existent Bio::Expression::Contact
use Bio::DB::Failover;
use Bio::DB::Fasta;
use Bio::DB::FileCache;
use Bio::DB::Flat;
use Bio::DB::Flat::BDB;
use Bio::DB::Flat::BDB::embl;
use Bio::DB::Flat::BDB::fasta;
use Bio::DB::Flat::BDB::genbank;
use Bio::DB::Flat::BDB::swiss;
use Bio::DB::Flat::BinarySearch;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::GenericWebAgent;
use Bio::DB::GenPept;
use Bio::DB::GFF;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::ace;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::memory;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer;
use Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator;
use Bio::DB::GFF::Aggregator;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::clone;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::coding;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::gene;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::match;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::none;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::orf;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan;
use Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene;
use Bio::DB::GFF::Featname;
use Bio::DB::GFF::Feature;
use Bio::DB::GFF::Homol;
use Bio::DB::GFF::RelSegment;
use Bio::DB::GFF::Segment;
use Bio::DB::GFF::Typename;
use Bio::DB::GFF::Util::Binning;
use Bio::DB::GFF::Util::Rearrange;
use Bio::DB::HIV;
use Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor;
use Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper;
use Bio::DB::IndexedBase;
use Bio::DB::InMemoryCache;
use Bio::DBLinkContainerI;
use Bio::DB::LocationI;
use Bio::DB::MeSH;
use Bio::DB::NCBIHelper;
use Bio::DB::Qual;
use Bio::DB::Query::GenBank;
use Bio::DB::Query::HIVQuery;
use Bio::DB::QueryI;
use Bio::DB::Query::WebQuery;
use Bio::DB::RandomAccessI;
use Bio::DB::ReferenceI;
use Bio::DB::RefSeq;
use Bio::DB::Registry;
use Bio::DB::SeqFeature;
use Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature;
use Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI;
use Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI;
use Bio::DB::SeqFeature::Segment;
use Bio::DB::SeqFeature::Store;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb;
# use Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3; broken
use Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql;
# use Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg; requires perl-dbd-pg and its big dependencies
use Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper;
use Bio::DB::SeqFeature::Store::memory;
use Bio::DB::SeqI;
use Bio::DB::SeqVersion;
use Bio::DB::SeqVersion::gi;
use Bio::DB::SwissProt;
use Bio::DB::Taxonomy;
use Bio::DB::Taxonomy::flatfile;
use Bio::DB::Taxonomy::greengenes;
use Bio::DB::Taxonomy::list;
use Bio::DB::Taxonomy::silva;
use Bio::DB::TFBS;
use Bio::DB::TFBS::transfac_pro;
use Bio::DB::Universal;
use Bio::DB::UpdateableSeqI;
use Bio::DB::WebDBSeqI;
use Bio::DescribableI;
use Bio::Draw::Pictogram;
use Bio::Event::EventGeneratorI;
use Bio::Event::EventHandlerI;
use Bio::Factory::AnalysisI;
use Bio::Factory::ApplicationFactoryI;
use Bio::Factory::DriverFactory;
use Bio::Factory::FTLocationFactory;
use Bio::Factory::LocationFactoryI;
use Bio::Factory::MapFactoryI;
use Bio::Factory::ObjectBuilderI;
use Bio::Factory::ObjectFactory;
use Bio::Factory::ObjectFactoryI;
use Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory;
use Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI;
use Bio::Factory::SequenceFactoryI;
use Bio::Factory::SequenceProcessorI;
use Bio::Factory::SequenceStreamI;
use Bio::Factory::TreeFactoryI;
use Bio::FeatureHolderI;
use Bio::HandlerBaseI;
use Bio::IdCollectionI;
use Bio::IdentifiableI;
use Bio::Index::Abstract;
use Bio::Index::AbstractSeq;
use Bio::Index::Blast;
use Bio::Index::BlastTable;
use Bio::Index::EMBL;
use Bio::Index::Fasta;
use Bio::Index::Fastq;
use Bio::Index::GenBank;
use Bio::Index::Hmmer;
use Bio::Index::Qual;
use Bio::Index::Stockholm;
use Bio::Index::SwissPfam;
use Bio::Index::Swissprot;
use Bio::LiveSeq::AARange;
use Bio::LiveSeq::Chain;
use Bio::LiveSeq::ChainI;
use Bio::LiveSeq::DNA;
use Bio::LiveSeq::Exon;
use Bio::LiveSeq::Gene;
use Bio::LiveSeq::Intron;
use Bio::LiveSeq::IO::BioPerl;
use Bio::LiveSeq::IO::Loader;
use Bio::LiveSeq::Mutation;
use Bio::LiveSeq::Mutator;
use Bio::LiveSeq::Prim_Transcript;
use Bio::LiveSeq::Range;
use Bio::LiveSeq::Repeat_Region;
use Bio::LiveSeq::Repeat_Unit;
use Bio::LiveSeq::SeqI;
use Bio::LiveSeq::Transcript;
use Bio::LiveSeq::Translation;
use Bio::LocatableSeq;
use Bio::Location::Atomic;
use Bio::Location::AvWithinCoordPolicy;
use Bio::Location::CoordinatePolicyI;
use Bio::Location::Fuzzy;
use Bio::Location::FuzzyLocationI;
use Bio::LocationI;
use Bio::Location::NarrowestCoordPolicy;
use Bio::Location::Simple;
use Bio::Location::Split;
use Bio::Location::SplitLocationI;
use Bio::Location::WidestCoordPolicy;
use Bio::Map::Clone;
use Bio::Map::Contig;
use Bio::Map::CytoMap;
use Bio::Map::CytoMarker;
use Bio::Map::CytoPosition;
use Bio::Map::EntityI;
use Bio::Map::FPCMarker;
use Bio::Map::Gene;
use Bio::Map::GeneMap;
use Bio::Map::GenePosition;
use Bio::Map::GeneRelative;
use Bio::MapIO;
use Bio::MapIO::fpc;
use Bio::MapIO::mapmaker;
use Bio::Map::LinkageMap;
use Bio::Map::LinkagePosition;
use Bio::Map::MapI;
use Bio::Map::Mappable;
use Bio::Map::MappableI;
use Bio::Map::Marker;
use Bio::Map::MarkerI;
use Bio::Map::Microsatellite;
use Bio::Map::OrderedPosition;
use Bio::Map::OrderedPositionWithDistance;
use Bio::Map::Physical;
use Bio::Map::Position;
use Bio::Map::PositionHandler;
use Bio::Map::PositionHandlerI;
use Bio::Map::PositionI;
use Bio::Map::PositionWithSequence;
use Bio::Map::Prediction;
use Bio::Map::Relative;
use Bio::Map::RelativeI;
use Bio::Map::SimpleMap;
use Bio::Map::TranscriptionFactor;
use Bio::Matrix::Generic;
use Bio::Matrix::IO;
use Bio::Matrix::IO::mlagan;
use Bio::Matrix::IO::phylip;
use Bio::Matrix::IO::scoring;
use Bio::Matrix::MatrixI;
use Bio::Matrix::Mlagan;
use Bio::Matrix::PhylipDist;
use Bio::Matrix::PSM::InstanceSite;
use Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI;
use Bio::Matrix::PSM::IO;
use Bio::Matrix::PSM::IO::mast;
use Bio::Matrix::PSM::IO::masta;
use Bio::Matrix::PSM::IO::meme;
use Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast;
use Bio::Matrix::PSM::IO::transfac;
use Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix;
use Bio::Matrix::PSM::ProtPsm;
use Bio::Matrix::PSM::Psm;
use Bio::Matrix::PSM::PsmHeader;
use Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI;
use Bio::Matrix::PSM::PsmI;
use Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix;
use Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI;
use Bio::Matrix::Scoring;
use Bio::MolEvol::CodonModel;
use Bio::Nexml::Factory;
use Bio::NexmlIO;
use Bio::Ontology::DocumentRegistry;
use Bio::Ontology::GOterm;
use Bio::Ontology::InterProTerm;
use Bio::OntologyIO;
use Bio::OntologyIO::dagflat;
use Bio::OntologyIO::goflat;
use Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler;
use Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler;
use Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler;
use Bio::OntologyIO::InterProParser;
use Bio::OntologyIO::obo;
use Bio::OntologyIO::simplehierarchy;
use Bio::OntologyIO::soflat;
use Bio::Ontology::OBOEngine;
use Bio::Ontology::OBOterm;
use Bio::Ontology::Ontology;
use Bio::Ontology::OntologyEngineI;
use Bio::Ontology::OntologyI;
use Bio::Ontology::OntologyStore;
use Bio::Ontology::Path;
use Bio::Ontology::PathI;
use Bio::Ontology::Relationship;
use Bio::Ontology::RelationshipFactory;
use Bio::Ontology::RelationshipI;
use Bio::Ontology::RelationshipType;
use Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor;
use Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine;
use Bio::Ontology::Term;
use Bio::Ontology::TermFactory;
use Bio::Ontology::TermI;
use Bio::ParameterBaseI;
use Bio::Perl;
use Bio::Phenotype::Correlate;
use Bio::Phenotype::Measure;
use Bio::Phenotype::MeSH::Term;
use Bio::Phenotype::MeSH::Twig;
use Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry;
use Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry;
use Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant;
use Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser;
use Bio::Phenotype::Phenotype;
use Bio::Phenotype::PhenotypeI;
use Bio::PhyloNetwork;
use Bio::PhyloNetwork::Factory;
use Bio::PhyloNetwork::FactoryX;
use Bio::PhyloNetwork::GraphViz;
use Bio::PhyloNetwork::muVector;
use Bio::PhyloNetwork::RandomFactory;
use Bio::PhyloNetwork::TreeFactory;
use Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryMulti;
use Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX;
use Bio::PopGen::Genotype;
use Bio::PopGen::GenotypeI;
use Bio::PopGen::HtSNP;
use Bio::PopGen::Individual;
use Bio::PopGen::IndividualI;
use Bio::PopGen::IO;
use Bio::PopGen::IO::csv;
use Bio::PopGen::IO::hapmap;
use Bio::PopGen::IO::phase;
use Bio::PopGen::IO::prettybase;
use Bio::PopGen::Marker;
use Bio::PopGen::MarkerI;
use Bio::PopGen::PopStats;
use Bio::PopGen::Population;
use Bio::PopGen::PopulationI;
use Bio::PopGen::Simulation::Coalescent;
use Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift;
use Bio::PopGen::Statistics;
use Bio::PopGen::TagHaplotype;
use Bio::PopGen::Utilities;
use Bio::PrimarySeq;
use Bio::PrimarySeqI;
use Bio::PullParserI;
use Bio::Range;
use Bio::RangeI;
use Bio::Restriction::Analysis;
use Bio::Restriction::Enzyme;
use Bio::Restriction::EnzymeCollection;
use Bio::Restriction::EnzymeI;
use Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut;
use Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite;
use Bio::Restriction::IO;
use Bio::Restriction::IO::bairoch;
use Bio::Restriction::IO::base;
use Bio::Restriction::IO::itype2;
use Bio::Restriction::IO::prototype;
use Bio::Restriction::IO::withrefm;
# use Bio::Root::Build; requires perl-module-build and shouldn't be needed at runtime
use Bio::Root::Exception;
use Bio::Root::HTTPget;
use Bio::Root::IO;
use Bio::Root::Root;
use Bio::Root::RootI;
use Bio::Root::Storable;
# use Bio::Root::Test; requires perl-test-most and shouldn't be needed at runtime
use Bio::Root::Utilities;
use Bio::Root::Version;
use Bio::Search::BlastStatistics;
use Bio::Search::BlastUtils;
use Bio::Search::DatabaseI;
# use Bio::SearchDist; requires Bio::Ext::Align from unmaintained bioperl-ext
use Bio::Search::GenericDatabase;
use Bio::Search::GenericStatistics;
use Bio::Search::Hit::BlastHit;
use Bio::Search::Hit::BlastPullHit;
use Bio::Search::Hit::Fasta;
use Bio::Search::Hit::GenericHit;
use Bio::Search::Hit::HitFactory;
use Bio::Search::Hit::HitI;
use Bio::Search::Hit::hmmer3Hit;
use Bio::Search::Hit::HMMERHit;
use Bio::Search::Hit::HmmpfamHit;
use Bio::Search::Hit::ModelHit;
use Bio::Search::Hit::PsiBlastHit;
use Bio::Search::Hit::PullHitI;
use Bio::Search::HSP::BlastHSP;
use Bio::Search::HSP::BlastPullHSP;
use Bio::Search::HSP::FastaHSP;
use Bio::Search::HSP::GenericHSP;
use Bio::Search::HSP::HMMERHSP;
use Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP;
use Bio::Search::HSP::HSPFactory;
use Bio::Search::HSP::HSPI;
use Bio::Search::HSP::ModelHSP;
use Bio::Search::HSP::PsiBlastHSP;
use Bio::Search::HSP::PSLHSP;
use Bio::Search::HSP::PullHSPI;
use Bio::Search::HSP::WABAHSP;
use Bio::SearchIO;
use Bio::SearchIO::axt;
use Bio::SearchIO::blast;
use Bio::SearchIO::blast_pull;
use Bio::SearchIO::blasttable;
use Bio::SearchIO::cross_match;
use Bio::SearchIO::EventHandlerI;
use Bio::SearchIO::exonerate;
use Bio::SearchIO::fasta;
use Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder;
use Bio::SearchIO::gmap_f9;
use Bio::SearchIO::hmmer;
use Bio::SearchIO::hmmer2;
use Bio::SearchIO::hmmer3;
use Bio::SearchIO::hmmer_pull;
use Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder;
use Bio::SearchIO::megablast;
use Bio::SearchIO::psl;
use Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder;
use Bio::SearchIO::SearchWriterI;
use Bio::SearchIO::sim4;
use Bio::SearchIO::waba;
use Bio::SearchIO::wise;
use Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF;
use Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter;
use Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter;
use Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter;
use Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter;
use Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter;
use Bio::Search::Iteration::GenericIteration;
use Bio::Search::Iteration::IterationI;
use Bio::Search::Processor;
use Bio::Search::Result::BlastPullResult;
use Bio::Search::Result::BlastResult;
use Bio::Search::Result::CrossMatchResult;
use Bio::Search::Result::GenericResult;
use Bio::Search::Result::hmmer3Result;
use Bio::Search::Result::HMMERResult;
use Bio::Search::Result::HmmpfamResult;
use Bio::Search::Result::PullResultI;
use Bio::Search::Result::ResultFactory;
use Bio::Search::Result::ResultI;
use Bio::Search::Result::WABAResult;
use Bio::Search::SearchUtils;
use Bio::Search::StatisticsI;
use Bio::Search::Tiling::MapTileUtils;
use Bio::Search::Tiling::MapTiling;
use Bio::Search::Tiling::TilingI;
use Bio::Seq;
use Bio::SeqAnalysisParserI;
use Bio::Seq::BaseSeqProcessor;
use Bio::Seq::EncodedSeq;
use Bio::SeqEvolution::DNAPoint;
use Bio::SeqEvolution::EvolutionI;
use Bio::SeqEvolution::Factory;
use Bio::SeqFeature::Amplicon;
use Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor;
use Bio::SeqFeature::Collection;
use Bio::SeqFeature::CollectionI;
use Bio::SeqFeature::Computation;
use Bio::SeqFeature::FeaturePair;
use Bio::SeqFeature::Gene::Exon;
use Bio::SeqFeature::Gene::ExonI;
use Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure;
use Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI;
use Bio::SeqFeature::Gene::Intron;
use Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature;
use Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site;
use Bio::SeqFeature::Gene::Promoter;
use Bio::SeqFeature::Generic;
use Bio::SeqFeature::Gene::Transcript;
use Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI;
use Bio::SeqFeature::Gene::UTR;
use Bio::SeqFeatureI;
use Bio::SeqFeature::Lite;
use Bio::SeqFeature::PositionProxy;
use Bio::SeqFeature::Primer;
use Bio::SeqFeature::Similarity;
use Bio::SeqFeature::SimilarityPair;
use Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo;
use Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair;
use Bio::SeqFeature::SubSeq;
use Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer;
use Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler;
use Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper;
use Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener;
use Bio::SeqFeature::TypedSeqFeatureI;
use Bio::SeqI;
use Bio::SeqIO;
use Bio::SeqIO::abi;
use Bio::SeqIO::ace;
use Bio::SeqIO::agave;
use Bio::SeqIO::alf;
use Bio::SeqIO::asciitree;
use Bio::SeqIO::bsml;
use Bio::SeqIO::bsml_sax;
use Bio::SeqIO::chadoxml;
use Bio::SeqIO::chaos;
use Bio::SeqIO::chaosxml;
use Bio::SeqIO::ctf;
use Bio::SeqIO::embl;
use Bio::SeqIO::embldriver;
use Bio::SeqIO::excel;
use Bio::SeqIO::exp;
use Bio::SeqIO::fasta;
use Bio::SeqIO::fastq;
use Bio::SeqIO::flybase_chadoxml;
use Bio::SeqIO::FTHelper;
use Bio::SeqIO::game;
use Bio::SeqIO::game::featHandler;
use Bio::SeqIO::game::gameHandler;
use Bio::SeqIO::game::gameSubs;
use Bio::SeqIO::game::gameWriter;
use Bio::SeqIO::game::seqHandler;
use Bio::SeqIO::gbdriver;
use Bio::SeqIO::gbxml;
use Bio::SeqIO::gcg;
use Bio::SeqIO::genbank;
use Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler;
use Bio::SeqIO::interpro;
use Bio::SeqIO::kegg;
use Bio::SeqIO::largefasta;
use Bio::SeqIO::lasergene;
use Bio::SeqIO::locuslink;
use Bio::SeqIO::mbsout;
use Bio::SeqIO::metafasta;
use Bio::SeqIO::msout;
use Bio::SeqIO::MultiFile;
use Bio::SeqIO::nexml;
use Bio::SeqIO::phd;
use Bio::SeqIO::pir;
use Bio::SeqIO::pln;
use Bio::SeqIO::qual;
use Bio::SeqIO::raw;
use Bio::SeqIO::scf;
use Bio::SeqIO::seqxml;
use Bio::SeqIO::strider;
use Bio::SeqIO::swiss;
use Bio::SeqIO::swissdriver;
use Bio::SeqIO::tab;
use Bio::SeqIO::table;
use Bio::SeqIO::tigr;
use Bio::SeqIO::tigrxml;
use Bio::SeqIO::tinyseq;
use Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler;
use Bio::SeqIO::ztr;
use Bio::Seq::LargeLocatableSeq;
use Bio::Seq::LargePrimarySeq;
use Bio::Seq::LargeSeq;
use Bio::Seq::LargeSeqI;
use Bio::Seq::Meta;
use Bio::Seq::Meta::Array;
use Bio::Seq::MetaI;
use Bio::Seq::PrimaryQual;
use Bio::Seq::PrimedSeq;
use Bio::Seq::QualI;
use Bio::Seq::Quality;
use Bio::Seq::RichSeq;
use Bio::Seq::RichSeqI;
use Bio::Seq::SeqBuilder;
use Bio::Seq::SeqFactory;
use Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory;
use Bio::Seq::SequenceTrace;
use Bio::Seq::SeqWithQuality;
use Bio::Seq::SimulatedRead;
use Bio::Seq::TraceI;
use Bio::SeqUtils;
use Bio::SimpleAlign;
use Bio::SimpleAnalysisI;
use Bio::Species;
use Bio::Structure::Atom;
use Bio::Structure::Chain;
use Bio::Structure::Entry;
use Bio::Structure::IO;
use Bio::Structure::IO::pdb;
use Bio::Structure::Model;
use Bio::Structure::Residue;
use Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res;
use Bio::Structure::SecStr::STRIDE::Res;
use Bio::Structure::StructureI;
use Bio::Symbol::Alphabet;
use Bio::Symbol::AlphabetI;
use Bio::Symbol::DNAAlphabet;
use Bio::Symbol::ProteinAlphabet;
use Bio::Symbol::Symbol;
use Bio::Symbol::SymbolI;
use Bio::Taxon;
use Bio::Taxonomy;
use Bio::Taxonomy::FactoryI;
use Bio::Taxonomy::Node;
use Bio::Taxonomy::Taxon;
use Bio::Taxonomy::Tree;
# use Bio::Tools::AlignFactory; requires Bio::Ext::Align from unmaintained bioperl-ext
use Bio::Tools::Alignment::Consed;
use Bio::Tools::Alignment::Trim;
use Bio::Tools::AmpliconSearch;
use Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite;
use Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma;
use Bio::Tools::AnalysisResult;
use Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase;
use Bio::Tools::Blat;
use Bio::Tools::CodonTable;
use Bio::Tools::Coil;
# use Bio::Tools::dpAlign; requires Bio::Ext::Align from unmaintained bioperl-ext
use Bio::Tools::ECnumber;
use Bio::Tools::EMBOSS::Palindrome;
use Bio::Tools::EPCR;
use Bio::Tools::Eponine;
use Bio::Tools::Est2Genome;
use Bio::Tools::ESTScan;
use Bio::Tools::Fgenesh;
use Bio::Tools::FootPrinter;
use Bio::Tools::Gel;
use Bio::Tools::Geneid;
use Bio::Tools::Genemark;
use Bio::Tools::Genewise;
use Bio::Tools::Genomewise;
use Bio::Tools::Genscan;
use Bio::Tools::GFF;
use Bio::Tools::Glimmer;
use Bio::Tools::Grail;
use Bio::Tools::GuessSeqFormat;
use Bio::Tools::HMMER::Domain;
use Bio::Tools::HMMER::Results;
use Bio::Tools::HMMER::Set;
use Bio::Tools::Hmmpfam;
use Bio::Tools::ipcress;
use Bio::Tools::isPcr;
use Bio::Tools::IUPAC;
use Bio::Tools::Lucy;
use Bio::Tools::Match;
use Bio::Tools::MZEF;
use Bio::Tools::OddCodes;
use Bio::Tools::Phylo::Gerp;
use Bio::Tools::Phylo::Molphy;
use Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result;
use Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist;
use Bio::Tools::pICalculator;
use Bio::Tools::Prediction::Exon;
use Bio::Tools::Prediction::Gene;
use Bio::Tools::Primer3;
use Bio::Tools::Primer::Assessor::Base;
use Bio::Tools::Primer::AssessorI;
use Bio::Tools::Primer::Feature;
use Bio::Tools::Primer::Pair;
use Bio::Tools::Prints;
use Bio::Tools::Profile;
use Bio::Tools::Promoterwise;
use Bio::Tools::PrositeScan;
use Bio::Tools::Protparam;
use Bio::Tools::Pseudowise;
# use Bio::Tools::pSW; requires Bio::Ext::Align from unmaintained bioperl-ext
use Bio::Tools::QRNA;
use Bio::Tools::RandomDistFunctions;
use Bio::Tools::RepeatMasker;
use Bio::Tools::Run::GenericParameters;
# use Bio::Tools::Run::hmmer3; is empty
use Bio::Tools::Run::ParametersI;
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::Tools::Seg;
use Bio::Tools::SeqPattern;
use Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate;
use Bio::Tools::SeqStats;
use Bio::Tools::SeqWords;
use Bio::Tools::Sigcleave;
use Bio::Tools::Signalp;
use Bio::Tools::Signalp::ExtendedSignalp;
use Bio::Tools::Sim4::Exon;
use Bio::Tools::Sim4::Results;
use Bio::Tools::SiRNA;
use Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::saigo;
use Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::tuschl;
use Bio::Tools::Spidey::Exon;
use Bio::Tools::Spidey::Results;
use Bio::Tools::TandemRepeatsFinder;
use Bio::Tools::TargetP;
use Bio::Tools::Tmhmm;
use Bio::Tools::tRNAscanSE;
use Bio::Tree::AlleleNode;
use Bio::Tree::AnnotatableNode;
use Bio::Tree::Compatible;
use Bio::Tree::DistanceFactory;
use Bio::Tree::Draw::Cladogram;
use Bio::TreeIO;
use Bio::TreeIO::cluster;
use Bio::TreeIO::lintree;
use Bio::TreeIO::newick;
use Bio::TreeIO::NewickParser;
use Bio::TreeIO::nexml;
use Bio::TreeIO::nexus;
use Bio::TreeIO::nhx;
use Bio::TreeIO::pag;
use Bio::TreeIO::phyloxml;
use Bio::TreeIO::svggraph;
use Bio::TreeIO::tabtree;
use Bio::TreeIO::TreeEventBuilder;
use Bio::Tree::Node;
use Bio::Tree::NodeI;
use Bio::Tree::NodeNHX;
use Bio::Tree::RandomFactory;
use Bio::Tree::Statistics;
use Bio::Tree::Tree;
use Bio::Tree::TreeFunctionsI;
use Bio::Tree::TreeI;
use Bio::UpdateableSeqI;
use Bio::Variation::AAChange;
use Bio::Variation::AAReverseMutate;
use Bio::Variation::Allele;
use Bio::Variation::DNAMutation;
use Bio::Variation::IO;
use Bio::Variation::IO::flat;
use Bio::Variation::IO::xml;
use Bio::Variation::RNAChange;
use Bio::Variation::SeqDiff;
use Bio::Variation::SNP;
use Bio::Variation::VariantI;
use Bio::WebAgent;
