fimo
fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc xstreme_example_output_files/fimo_out_3 --bgfile xstreme_example_output_files/background --motif 4-AGATAAGG xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
xstreme_example_output_files/streme_out/streme.xml
nrmix.nseqs.100.100bp.seed.1.fa
0.0001
AGATAAAG
0.121
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAAC
0.156
AGATAAAG
0.121
AGATAAGA
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AAATAAGC
0.176
AAATAAGC
0.176
AAATAAGG
0.132
AGATAAAC
0.156
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AAATAAGC
0.176
AGATAAAA
0.164
AGATAAAA
0.164
AAATAAGG
0.132
AGATAAGG
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAGG
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAAG
0.121
AGATAAAA
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAAC
0.156
AGATAAGC
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAAC
0.156
AGATAAGT
0.145
ATATAAGG
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AAATAAGG
0.132
AAATAAGG
0.132
AGATAAAC
0.156
AGATAAGA
0.112
AAATAAGG
0.132
AAATAAGC
0.176
AGATAAGT
0.145
AGATAAAG
0.121
AGATAAAA
0.164
AGATAAAC
0.156
ATATAAGG
0.164
AGATAAAA
0.164
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AAATAAGG
0.132
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAAG
0.121
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGA
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGG
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AAATAAGG
0.132
AGATAAAA
0.164
AGATAAGT
0.145
AGATAAAA
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAGT
0.145
AGATAAGA
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGG
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAAG
0.121
AGATAAGC
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGG
0.112
AGATAAAA
0.164
AGATAAGC
0.112
ATATAAGG
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AAATAAGG
0.132
AAATAAGC
0.176
AGATAAAG
0.121
AAATAAGG
0.132
AGATAAAA
0.164
AAATAAGC
0.176
AAATAAGG
0.132
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAAC
0.156
AGATAAAG
0.121
AAATAAGG
0.132
AGATAAGG
0.112
AGATAAAC
0.156
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AAATAAGG
0.132
AAATAAGG
0.132
AGATAAAG
0.121
ATATAAGG
0.164
AGATAAAG
0.121
ATATAAGG
0.164
ATATAAGG
0.164
AGATAAGG
0.112
AAATAAGG
0.132
AGATAAGA
0.112
AAATAAGG
0.132
AAATAAGG
0.132
ATATAAGG
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAAA
0.164
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGC
0.112
AGATAAGC
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAAC
0.156
AGATAAGA
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGA
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAGG
0.112
AGATAAAG
0.121
AGATAAGC
0.112
AGATAAGT
0.145
AGATAAAG
0.121
AGATAAAA
0.164
AGATAAAC
0.156
AGATAAAC
0.156
AGATAAGA
0.112
AGATAAAC
0.156
AGATAAGT
0.145
AGATAAGG
0.112
AGATAAGA
0.112
yes