fimo
fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc memechip_example_output_files/fimo_out_6 --bgfile memechip_example_output_files/background --motif MA0607.1 JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme memechip_example_output_files/Klf1.fna
JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme
memechip_example_output_files/Klf1.fna
0.0001
CCATATGC
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGT
0.702
CCATATGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
GCATATGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATATGG
0.702
CCATATGG
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
GCATATGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCATATGC
0.702
CCATATGG
0.702
CCATATGG
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCATATGC
0.702
CCATCTGT
0.702
GCATATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCAGATGT
0.702
CCATCTGT
0.702
CCAGATGT
0.702
yes