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# H/alifold.h

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    00001 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_ALIFOLD_H__
    00002 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_ALIFOLD_H__
    00003
    00004 #include "data_structures.h"
    00005
    00018 extern  double  cv_fact;
    00025 extern  double  nc_fact;
    00026
    00027 /*
    00028 ##############################################
    00029 # MFE VARIANTS OF THE ALIFOLD IMPLEMENTATION #
    00030 ##############################################
    00031 */
    00032
    00039 void update_alifold_params(void);
    00040
    00041
    00057 float  alifold( const char **strings,
    00058                 char *structure);
    00059
    00060
    00069 float  circalifold( const char **strings,
    00070                     char *structure);
    00071
    00075 void    free_alifold_arrays(void);
    00076
    00086 int get_mpi(char *Alseq[],
    00087             int n_seq,
    00088             int length,
    00089             int *mini);
    00090
    00094 float   **readribosum(char *name);
    00095
    00107 float   energy_of_alistruct(const char **sequences,
    00108                             const char *structure,
    00109                             int n_seq,
    00110                             float *energy);
    00111
    00112 /*
    00113 #############################################################
    00114 # some helper functions that might be useful in the library #
    00115 #############################################################
    00116 */
    00117
    00131 void encode_ali_sequence( const char *sequence,
    00132                           short *S,
    00133                           short *s5,
    00134                           short *s3,
    00135                           char *ss,
    00136                           unsigned short *as,
    00137                           int circ);
    00138
    00154 void  alloc_sequence_arrays(const char **sequences,
    00155                             short ***S,
    00156                             short ***S5,
    00157                             short ***S3,
    00158                             unsigned short ***a2s,
    00159                             char ***Ss,
    00160                             int circ);
    00161
    00176 void  free_sequence_arrays( unsigned int n_seq,
    00177                             short ***S,
    00178                             short ***S5,
    00179                             short ***S3,
    00180                             unsigned short ***a2s,
    00181                             char ***Ss);
    00182
    00183 /*
    00184 #############################################################
    00185 # PARTITION FUNCTION VARIANTS OF THE ALIFOLD IMPLEMENTATION #
    00186 #############################################################
    00187 */
    00188
    00201 float alipf_fold_par( const char **sequences,
    00202                       char *structure,
    00203                       plist **pl,
    00204                       pf_paramT *parameters,
    00205                       int calculate_bppm,
    00206                       int is_constrained,
    00207                       int is_circular);
    00208
    00223 float alipf_fold( const char **sequences,
    00224                   char *structure,
    00225                   plist **pl);
    00226
    00235 float alipf_circ_fold(const char **sequences,
    00236                       char *structure,
    00237                       plist **pl);
    00238
    00239
    00249 FLT_OR_DBL *export_ali_bppm(void);
    00250
    00254 void  free_alipf_arrays(void);
    00255
    00262 char  *alipbacktrack(double *prob) ;
    00263
    00264 #endif