halapi hierarchichalalignmentformatapi

- Main Page
- Classes
- Files

- File List

inc/genomeSegment.h

    00001 /*
    00002  * Copyright (C) 2012 by Glenn Hickey (hickey@soe.ucsc.edu)
    00003  *
    00004  * Released under the MIT license, see LICENSE.txt
    00005  */
    00006
    00007 #ifndef _GENOMESEGMENT_H
    00008 #define _GENOMESEGMENT_H
    00009
    00010 #include "haltypes.h"
    00011
    00012 namespace hal {
    00013
    00019 class GenomeSegment
    00020 {
    00021 public:
    00023         genidx_t getStart() const;
    00025         genidx_t getLength() const;
    00027         segidx_t getParseIdx() const;
    00029         genidx_t getParseOffset() const;
    00030
    00032         static const segidx_t NullIndex;
    00033
    00034 protected:
    00035         genidx_t _start;
    00036         genidx_t _length;
    00037         segidx_t _parseIdx;
    00038         genidx_t _parseOffset;
    00039 };
    00040
    00041 }
    00042 #endif
    00043

All Classes Functions Variables