{
    "samples_txt": "samples.txt",
    "metaspades": {
        "additional_params": "--only-assembler",
        "threads": 11,
        "run": true,
        "use_scaffolds": true
    },
    "iu_filter_quality_minoche": {
        "run": false
    },
    "output_dirs": {
        "FASTA_DIR": "02_FASTA_metaspades_no_qc",
        "CONTIGS_DIR": "03_CONTIGS_metaspades_no_qc",
        "QC_DIR": "01_QC_metaspades_no_qc",
        "MAPPING_DIR": "04_MAPPING_metaspades_no_qc",
        "PROFILE_DIR": "05_ANVIO_PROFILE_metaspades_no_qc",
        "MERGE_DIR": "06_MERGED_metaspades_no_qc",
        "TAXONOMY_DIR": "07_TAXONOMY_metaspades_no_qc",
        "LOGS_DIR": "00_LOGS_metaspades_no_qc"
    }
}
